مجله دانشکده پزشکی اصفهان (Jun 2014)
Sequencing and Phylogenetic Analysis of NS Gene of Two Isolates of H9N2 Influenza Virus and The Growth Characteristics of the Virus on A549 Cells
Abstract
مقدمه: ویروس آنفلوانزای پرندگان تحت تیپ 2N9H در طول دو دهه‌ی گذشته در آسیا به صورت پانزوتیک در آمده است. این ویروس، علاوه بر ایجاد بیماری در طیور پرورشی، چندین مورد ابتلای انسانی در آسیا را سبب شده است. این مطالعه به منظور بررسی ارتباط فیلوژنی ژن غیر ساختمانی (NS یا Non structural) و خصوصیات رشدشان بر روی سلول‌های 549A در جدایه‌هایی در استان تهران انجام شد. روش‌ها: از میان ویروسهای ایزوله شده در سال‌های 91-1388 ویروس آنفلوانزای 2N9H، دو ویروس که در درخت فیلوژنتیک جایگاه‌های متفاوتی با هم داشتند، انتخاب شدند و ژن NS طی واكنش RT-PCR (Reverse transcription-polymerase chain reaction) تكثیر شد. قطعه‌ی مورد نظر هر جدایه، کلون گردید و پلاسمیدهای حاصل توالی‌یابی شدند. بروز تغییرات احتمالی در توالی ژن NS جدایه‌های مورد نظر با مقایسه با جدایه‌های ثبت شده در پایگاه داده GenBank ارزیابی شد. بر اساس نتایج، رشد این دو جدایه در سلول‌های 549A بررسی شد. ارزش s3GC و مقایسه‌ی میزان جایگزینی Ka/Ks در نواحی رمز دهنده‌ی ژن بررسی شد. یافته‌ها: پردازش اولیه‌ی داده‌های فیلوژنی نشان داد كه ژن NS ویروسهای ایران با همسانی 4/96 درصد به زیر دودمان 439Y و آلل A تعلق دارند. این ویروس‌ها بر اساس زمان جداسازی در دو زیر گروه زیر گروه یك شامل ویروسهای جدا شده از طیور پرورشی طی سال‌های 2004-1998 و زیر گروه دوم ویروسهای جدا شده طی سال‌های 11-2006 قرار گرفتند. ارزش s3GC بین 392/0-371/0 متغیر بود و میزان Ka/Ks برای زیر گروه اول 38/0 و برای زیر گروه دوم 42/0 محاسبه شد. نتیجه‌گیری: پردازش توالی اسید آمینه‌ی NS نشان می‌دهد كه این دو ایزوله، دارای توالی KSLR در محل دمین PDZ خود هستند و چندین تغییر همزمان در طول توالی اسید آمینه رخ داده است. عیار دو ویروس به روش ارزیابی پلاك برآورد شد که تفاوت معنی‌داری با هم نداشتند. این داده‌ها نشان می‌دهد که دو ویروس 2N9H جدید ایران دچار تغییرات بسیار اندکی شده‌اند.
