پژوهشهای علوم دامی ایران (Sep 2022)
پویش ژنومی برای صفات مهم اقتصادی بلدرچین ژاپنی-مقایسه روش‌های چند مرحلهای بیز B و تک مرحلهای GBLUP
Abstract
هدف پژوهش حاضر، مقایسه میزان واریانس ژنتیکی افزایشی توجیه شده روش چند مرحلهای بیزB (MS-BayesB) با روش پویش کل ژنومی تک مرحلهای تصحیح شده مکرر (WssGWAS) برای صفات مرتبط با بازدهی خوراک در 920 قطعه بلدرچین ژاپنی بود. برای هر پرنده، افزایش وزن بدن (BWG)، میزان خوراک مصرفی (FI) و ضریب تبدیل خوراک (FCR) رکورد اندازهگیری شده و با استفاده از یک تراشه SNP ژنوم بلدرچین ژاپنی (Illumina iSelect 4K) تعیین ژنوتیپ شدند. میزان اثر هر یک SNPها با استفاده از نرم افزار GenSel و BLUPF90 برآورد گردید. پنجرههایی که بیش از 1% واریانس را بیان میکردند به عنوان مناطق ژنومی اصلی استفاده شدند. نتایج این پژوهش نشان داد در مجموع روش WssGWAS از نظر میزان واریانس ژنتیکی افزایشی بیان شده در مقایسه با روش MS-BayesB عملکرد بهتری داشت. تعداد 15 پنجره ژنومی با بیش از 1% واریانس ژنتیکی بیان شده روی 10 کروموزوم مختلف، 1/23% واریانس ژنتیکی صفت افزایش وزن بدن را توجیه میکردند. تعداد 14 پنجره روی 9 کروموزوم مرتبط با میزان خوراک مصرفی بودند. این پنجرهها 3/28% واریانس ژنتیکی را بیان میکردند. همچنین برای ضریب تبدیل خوراک تعداد 12 منطقه ژنومی روی 9 کروموزوم، سهم 4/27% از واریانس ژنتیکی کل داشتند. نتایج این پژوهش نشان داد که در مجموع روش WssGWAS به علت استفاده همزمان از اطلاعات شجرهای، فنوتیپی و ژنوتیپی عملکرد بهتری در مقایسه با روش چند مرحلهای BayesB دارد. علاوه بر این، با توجه به شناسایی مناطق ژنومی جدید و نقش کلیدی ژنهای ذکر شده در ایجاد صفات وزن بدن و بازده خوراک میتوان کارآیی روش WssGWAS برای پویش ژنومی در صفات مهم اقتصادی در بلدرچین ژاپنی را تأیید کرد.
Keywords
