Communications Medicine (Apr 2022)
Impact of SARS-CoV-2 Gamma lineage introduction and COVID-19 vaccination on the epidemiological landscape of a Brazilian city
- Cecília Artico Banho,
- Lívia Sacchetto,
- Guilherme Rodrigues Fernandes Campos,
- Cíntia Bittar,
- Fábio Sossai Possebon,
- Leila Sabrina Ullmann,
- Beatriz de Carvalho Marques,
- Gislaine Ceslestino Dutra da Silva,
- Marília Mazzi Moraes,
- Maisa Carla Pereira Parra,
- Andreia Francesli Negri,
- Ana Carolina Boldrin,
- Michela Dias Barcelos,
- Thayza M. I. L. dos Santos,
- Bruno H. G. A. Milhim,
- Leonardo Cecílio Rocha,
- Fernanda Simões Dourado,
- Andresa Lopes dos Santos,
- Victoria Bernardi Ciconi,
- Caio Patuto,
- Alice Freitas Versiani,
- Rafael Alves da Silva,
- Edoardo Estevam de Oliveira Lobl,
- Victor Miranda Hernandes,
- Nathalia Zini,
- Carolina Colombelli Pacca,
- Cássia Fernanda Estofolete,
- Helena Lage Ferreira,
- Paula Rahal,
- João Pessoa Araújo,
- Jamie A. Cohen,
- Cliff C. Kerr,
- Benjamin M. Althouse,
- Nikos Vasilakis,
- Mauricio Lacerda Nogueira
Affiliations
- Cecília Artico Banho
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Lívia Sacchetto
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Guilherme Rodrigues Fernandes Campos
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Cíntia Bittar
- Laboratório de Estudos Genômicos, Departamento de Biologia, Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas, Universidade Estadual Paulista
- Fábio Sossai Possebon
- Instituto de Biotecnologia, Universidade Estadual Paulista
- Leila Sabrina Ullmann
- Instituto de Biotecnologia, Universidade Estadual Paulista
- Beatriz de Carvalho Marques
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Gislaine Ceslestino Dutra da Silva
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Marília Mazzi Moraes
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Maisa Carla Pereira Parra
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Andreia Francesli Negri
- Departamento de Vigilância Epidemiológica
- Ana Carolina Boldrin
- Departamento de Vigilância Epidemiológica
- Michela Dias Barcelos
- Departamento de Vigilância Epidemiológica
- Thayza M. I. L. dos Santos
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Bruno H. G. A. Milhim
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Leonardo Cecílio Rocha
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Fernanda Simões Dourado
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Andresa Lopes dos Santos
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Victoria Bernardi Ciconi
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Caio Patuto
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Alice Freitas Versiani
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Rafael Alves da Silva
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Edoardo Estevam de Oliveira Lobl
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Victor Miranda Hernandes
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Nathalia Zini
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Carolina Colombelli Pacca
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Cássia Fernanda Estofolete
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- Helena Lage Ferreira
- Laboratório de Medicina Veterinária Preventiva Aplicada, Departamento de Medicina Veterinária, Faculdade de Zootecnia e Engenharia de Alimentos, Universidade de São Paulo
- Paula Rahal
- Laboratório de Estudos Genômicos, Departamento de Biologia, Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas, Universidade Estadual Paulista
- João Pessoa Araújo
- Instituto de Biotecnologia, Universidade Estadual Paulista
- Jamie A. Cohen
- Institute for Disease Modeling, Global Health Division, Bill & Melinda Gates Foundation
- Cliff C. Kerr
- Institute for Disease Modeling, Global Health Division, Bill & Melinda Gates Foundation
- Benjamin M. Althouse
- Institute for Disease Modeling, Global Health Division, Bill & Melinda Gates Foundation
- Nikos Vasilakis
- Department of Pathology, University of Texas Medical Branch
- Mauricio Lacerda Nogueira
- Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Dermatológicas, Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto
- DOI
- https://doi.org/10.1038/s43856-022-00108-5
- Journal volume & issue
-
Vol. 2,
no. 1
pp. 1 – 11
Abstract
Plain language summary SARS-CoV-2, the virus responsible for COVID-19, has evolved into different variants, virus lineages with a slightly different genetic material. Here, we evaluated the introductions of SARS-CoV-2 lineages in a Brazilian city with the third-highest number of confirmed COVID-19 cases in the state of São Paulo. Our analyses revealed several SARS-CoV-2 lineages first detected in the city, but after the introduction of the Gamma lineage, the majority of them were replaced by this variant that became the most common. At the same time, there was an increase in the number of infections, severe disease cases, and deaths, mainly in individuals under 70 years old, the age group that was not fully vaccinated at the time. Our findings further support the evidence that vaccination effectively decreases SARS-CoV-2 spread and transmission.
