مطالعه توزیع آماری اثرات QTL بر صحت ارزش های اصلاحی ژنومی برآورد شده با روش Bayesian

Abstract

هدف تحقیق بررسی اثر دو توزیع گاما و بتا به طور جداگانه بر صحت ارزیابی ژنتیکی بود. به این منظور ژنومی متشکل از 10 کروموزوم هر یک به طول 200 سانتی مورگان شبیه سازی شد. نشانگرها بر روی ژنوم با فواصل 2/0 سانتی مورگان طراحی شدند و جایگاه های ژنی مؤثر بر صفات بر روی ژنوم با توزیع تصادفی و تعداد متغیر شبیه سازی شدند و تنها اثرات افزایشی ژن ها در نظر گرفته شد. در ابتدا جمعیت پایه ای از حیوانات با اندازه مؤثر 100 شبیه سازی شد و این ساختار جمعیتی برای 50 نسل با آمیزش تصادفی ادامه یافت تا عدم تعادل پیوستگی بین نشانگرها و QTL ایجاد شود. پس از این اندازه جمعیت به 1000 فرد در نسل 51 (نسل مرجع) گسترش یافت. در نسل مرجع براساس اطلاعات ژنومیک و فنوتیپی اثرات نشانگری محاسبه گردید. در نسل 52 تا 57 (نسل هدف) ارزش اصلاحی محاسبه شد. نتایج نشان داد که در همه توزیع ها هر چه از جمعیت مرجع دور می شویم، با افزایش نسل ها از نسل 51 به 57 صحت برآورد ارزش اصلاحی ژنومی کاهش می‏یابد. همچنین وراثت پذیری بالا (2/0) نسبت به وراثت پذیری پایین (05/0) در تعداد QTL مشابه از صحت بیشتری برخوردار می باشد. در مقایسه توزیع ها در وراثت پذیری پایین، با تعداد 10 QTL، توزیع گاما 2، با تعداد 20 QTL، توزیع گاما 1 و با تعداد 50 و 100 QTL توزیع بتا برآوردها صحت بیشتری در دو روش Lasso و Ridge داشتند؛ در وراثت پذیری بالا، با تعداد 50 و 100 QTL توزیع گاما 2 در دو روش Lasso و Ridge برتری داشت. به طورکلی توزیع گاما باعث افزایش صحت برآورد ارزش اصلاحی ژنومی شد.

Keywords

• ارزش اصلاحی
• انتخاب ژنومی
• توزیع qtl
• صحت