Incidence and Molecular-Based Identification of Papaya ringspot virus Infecting Papaya in Java

Abstract

Infeksi Papaya ringspot virus (PRSV) di Indonesia pertama kali dilaporkan pada pepaya di Nangroe Aceh Darussalam pada tahun 2012. Sejak itu, PRSV atau penyakit bercak bercincin pada pepaya menyebar ke beberapa daerah di Jawa, Sumatera, Bali, dan Nusa Tenggara Barat. Penelitian ini dilakukan untuk mengonfirmasi keberadaan PRSV di beberapa daerah penanaman pepaya di Jawa dan mengetahui identitas molekulernya. Metode double antibody sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (DAS-ELISA) dengan antiserum spesifik PRSV digunakan untuk mendeteksi sampel dari lapangan. Insidensi PRSV hasil deteksi DAS-ELISA di Bogor, Purworejo, Kebumen, dan Bantul berturut-turut sebesar 59.1%, 51.4%, 84.2%, dan 96.2%. Identifikasi lebih lanjut dilakukan dengan reverse transcription-polymerase chain reaction menggunakan primer spesifik (PRSV326/PRSV800), dilanjutkan dengan sikuensing DNA. Fragmen DNA berukuran 475 pb berhasil diamplifikasi dari sampel lapangan dan analisis nukleotida menunjukkan bahwa semua sampel terkonfirmasi PRSV dengan homologi antarisolat berkisar antara 95.4% sampai 99.4%. Analisis filogenetika menunjukkan bahwa isolat-isolat PRSV di Jawa berada dalam satu grup yang sama dengan isolat PRSV-P pepaya dari Thailand.

Keywords

• analisis filogenetika
• DAS-ELISA
• insidensi penyakit
• reverse transcription-polymerase chain reaction
• sampel lapangan