International Journal of Infectious Diseases (Aug 2023)
Phylogenetic analysis reveals that the H5N1 avian influenza A outbreak in poultry in Ecuador in November 2022 is associated with the highly pathogenic clade 2.3.4.4b
- Alfredo Bruno,
- Alonzo Alfaro-Núñez,
- Doménica de Mora,
- Rubén Armas,
- Maritza Olmedo,
- Jimmy Garcés,
- María Sol Vaca,
- Euclides De la Torre,
- David Jarrin,
- Lidia Burbano,
- Johanna Salas,
- Cristian Imbacuan,
- José Chanatasig,
- Margoth Barrionuevo,
- María Cristina Galante,
- Veronica Salas,
- Natalia Goñi,
- Juan Cristina,
- Christian Steffe Domingues,
- Lucas Oliveira Montesino,
- Fernanda Gomes Cardoso,
- Dilmara Reischak,
- Miguel Angel Garcia-Bereguiain
Affiliations
- Alfredo Bruno
- Instituto Nacional de Salud Pública e Investigación “Leopoldo Izquieta-Pérez”, Guayaquil, Ecuador; Universidad Agraria del Ecuador, Guayaquil, Ecuador; Corresponding authors.
- Alonzo Alfaro-Núñez
- Department of Clinical Biochemistry, Naestved Hospital, Naestved, Denmark; Section for Evolutionary Genomics, GLOBE Institute, University of Copenhagen, Copenhagen, Denmark
- Doménica de Mora
- Instituto Nacional de Salud Pública e Investigación “Leopoldo Izquieta-Pérez”, Guayaquil, Ecuador
- Rubén Armas
- Instituto Nacional de Salud Pública e Investigación “Leopoldo Izquieta-Pérez”, Guayaquil, Ecuador; Universidad Espíritu Santo, Guayaquil, Ecuador
- Maritza Olmedo
- Instituto Nacional de Salud Pública e Investigación “Leopoldo Izquieta-Pérez”, Guayaquil, Ecuador
- Jimmy Garcés
- Instituto Nacional de Salud Pública e Investigación “Leopoldo Izquieta-Pérez”, Guayaquil, Ecuador
- María Sol Vaca
- Agencia de Regulación y Control Fito y Zoosanitario (''Agrocalidad''), Ministerio de Agricultura y Ganadería, Ecuador.
- Euclides De la Torre
- Agencia de Regulación y Control Fito y Zoosanitario (''Agrocalidad''), Ministerio de Agricultura y Ganadería, Ecuador.
- David Jarrin
- Agencia de Regulación y Control Fito y Zoosanitario (''Agrocalidad''), Ministerio de Agricultura y Ganadería, Ecuador.
- Lidia Burbano
- Agencia de Regulación y Control Fito y Zoosanitario (''Agrocalidad''), Ministerio de Agricultura y Ganadería, Ecuador.
- Johanna Salas
- Agencia de Regulación y Control Fito y Zoosanitario (''Agrocalidad''), Ministerio de Agricultura y Ganadería, Ecuador.
- Cristian Imbacuan
- Agencia de Regulación y Control Fito y Zoosanitario (''Agrocalidad''), Ministerio de Agricultura y Ganadería, Ecuador.
- José Chanatasig
- Agencia de Regulación y Control Fito y Zoosanitario (''Agrocalidad''), Ministerio de Agricultura y Ganadería, Ecuador.
- Margoth Barrionuevo
- Agencia de Regulación y Control Fito y Zoosanitario (''Agrocalidad''), Ministerio de Agricultura y Ganadería, Ecuador.
- María Cristina Galante
- Agencia de Regulación y Control Fito y Zoosanitario (''Agrocalidad''), Ministerio de Agricultura y Ganadería, Ecuador.
- Veronica Salas
- Agencia de Regulación y Control Fito y Zoosanitario (''Agrocalidad''), Ministerio de Agricultura y Ganadería, Ecuador.
- Natalia Goñi
- Centro Nacional de Referencia de Influenza, Departamento de Laboratorios de Salud Pública, Ministerio de Salud Pública, Montevideo, Uruguay
- Juan Cristina
- Laboratorio de Virología Molecular, Centro de Investigaciones Nucleares, Facultad de Ciencias, Universidad de la República, Montevideo, Uruguay
- Christian Steffe Domingues
- Laboratório Federal de Defesa Agropecuária, Ministério da Agricultura e Pecuária, São Paulo, Brasil
- Lucas Oliveira Montesino
- Laboratório Federal de Defesa Agropecuária, Ministério da Agricultura e Pecuária, São Paulo, Brasil
- Fernanda Gomes Cardoso
- Laboratório Federal de Defesa Agropecuária, Ministério da Agricultura e Pecuária, São Paulo, Brasil
- Dilmara Reischak
- Laboratório Federal de Defesa Agropecuária, Ministério da Agricultura e Pecuária, São Paulo, Brasil
- Miguel Angel Garcia-Bereguiain
- One Health Research Group, Universidad de Las Américas, Quito, Ecuador; Corresponding authors.
- Journal volume & issue
-
Vol. 133
pp. 27 – 30
Abstract
The ongoing H5N1 outbreak in the Americas caused by clade 2.3.4.4 is causing unprecedented impact in poultry and wild birds. In November 2022, a highly pathogenic avian influenza A outbreak was declared in poultry in Ecuador, affecting more than 1.1 million heads of poultry in two farms by February 2023. Phylogenetic analysis shows that the virus clade is 2.3.4.4b, and to the best of our knowledge, this is the first scientific publication reporting this clade in South America.
