Bioscience Journal (Mar 2006)
Determinacao do numero de marcadores rapd para estudos da diversidade genetica em soja utilizando o metodo BOOTSTRAP
Abstract
Vinte e seis cultivares de soja pertencentes ao grupo de maturação tardio foram avaliados com base em 85 locos RAPD, obtidos de 27 primers, submetendo-se os dados obtidos à técnica de bootstrap para determinar o número mínimo de locos necessários para se ter uma boa precisão nos estudos de diversidade genética. O procedimento de bootstrap dos locos foi utilizado para estimar o coeficiente de variação (CV) do índice de similaridade de Jaccard, utilizando-se 1000 permutações. O número mínimo de locos foi encontrado através da expressão xc= [ a2b2(2b-1)/(b-2)] 1/(2-2b) onde xc é o ponto de máxima curvatura da função, e corresponde à quantidade mínima de locos a ser amostrado no genoma. Foi obtido um coeficiente de determinação de 0,98, indicando um bom ajuste da curva estimada aos dados observados. Para este conjunto de dados, o ponto de curvatura máxima foi xc = 12,41, que corresponde a um CV de 33 %, e indica que o uso de 12 a 13 locos marcadores proporcionaria a precisão obtida para as estimativas. O parâmetro b da equação representa uma medida da heterogeneidade entre bandas. O valor encontrado neste estudo, de b = 0,426, mostra uma alta heterogeneidade entre bandas, já que o valor máximo esperado para este parâmetro é de 0,5. UNITERMOS: RAPD, Glycine max, diversidade genética
