SARS-CoV-2 genetic variation and bacterial communities of naso-oropharyngeal samples in middle-aged and elderly COVID-19 patients in West Java, Indonesia

Abstract

الملخص: أهدف البحث: تعكس عدد حالات كورونا في إندونيسيا خطورة الأمراض وانتشارها بسرعة. تم إجراء الرصد الجينومي لفيروس كورونا المستجد والتحقيق في المجتمعات البكتيرية للجهاز التنفسي العلوي في غرب جاوة كرد فعل للتهديد المتزايد حيث يمكن أن يؤثر تفاوت التوازن في الميكروبات في الجهاز التنفسي العلوي بشكل سلبي على حالة المرضى. طرق البحث: استخدمنا منصة تسلسل النانوبور لتحليل 43 عينة من التغيرات الجينية لفيروس كورونا المستجد و11 عينة مختارة لتسلسل الجينات عبر الريبوزوم 16، تم جمعهم في الفترة من مايو إلى أغسطس 2021. النتائج: خمسة أنواع فيروسية في السكان (أ.ي.23؛ أ.ي.24؛ أ.ي.26؛ أ.ي.42؛ ب.1.1.7) كانت تهيمن على وجود النوع أ.ي.23 (82%) predominated among five virus lineages in the populations (AY.23, AY.24, AY.26, AY.42, B.1.1.7). The region in the SARS-CoV-2 genome found to have the highest number of mutations was the spike (S) protein (>20%). There was no association between SARS-CoV-2 lineages, mutation frequency, patient profile, and COVID-19 rapid spread-categorized cases. There was no association of bacterial relative abundance, alpha-beta diversity, and linear discriminant analysis effect size analysis with patient profile and rapid spread cases. MetagenomeSeq analysis showed eight differential abundance species in individual patient profiles, including Pseudomonas aeruginosa and Haemophilus parainfluenzae. Conclusions: The data demonstrated relevant AY.23 dominance (the Delta variant) in West Java during that period supporting the importance of surveillance program in monitoring disease progression. The inconsistent results of the bacterial communities suggest that a complex multifactor process may contribute to the progression of bacterial-induced disease in each patient.

Keywords

• 16S rRNA sequencing
• Bacterial community
• COVID-19 rapid spread
• Oxford Nanopore Technologies
• SARS-CoV-2 variants