مجله دانشکده پزشکی اصفهان (Jul 2023)
بررسی جامع ژن‌ها و eRNAهای درگیر در سرطان معده و ساخت مدل پیش‌آگهی برای بقای کلی بیماران
Abstract
مقاله پژوهشیمقدمه: سرطان معده، یکی از شایع‌ترین سرطان‌ها و اولین علت مرگ ناشی از سرطان‌ها در ایران است. به‌دلیل دانش ناکافی در مورد عناصر مولکولی دخیل در بیماری برای معرفی زیست‌نشانگرهای تشخیصی/ پیش‌آگهی‌دهنده، بیماران مبتلا در مراحل بالاتر تشخیص داده می‌شوند که این امر منجر به پیش‌آگهی ضعیف این بیماران می‌شود. هدف مطالعه‌ی حاضر، بررسی جامع enhancer RNAs (eRNAs) به‌منظور تعیین ارتباطات مولکولی این عناصر با سایر ژن‌ها و ساخت یک مدل مرتبط با بقای بیماران بود.روش‌ها: اطلاعات خام توالی‌یابی رونوشت‌ها در نمونه‌های سرطان معده از پایگاه داده‌ی اطلس ژنوم سرطان اخذ و eRNAها و ژن‌های با بیان متمایز در نمونه‌های توموری نسبت به نمونه‌های غیرتوموری استخراج شد. سپس ژن‌های هدف eRNAهای با بیان متمایز بر اساس فاصله‌ی فیزیکی و همبستگی تعیین شدند و شبکه‌ی تنظیمی با استفاده از این عناصر ترسیم شد. در نهایت با انجام تحلیل رگرسیون کاکس تک‌متغیره و چندمتغیره، یک مدل پیش‌آگهی‌دهنده برای پیش‌بینی بقای کلی بیماران ساخته و کارآیی مدل بررسی شد.یافته‌ها: با انجام تحلیل تمایز بیانی، 69 eRNA و 2606 ژن دارای بیان متمایز استخراج شدند و با تعیین ارتباطات بین آن‌ها، یک شبکه‌ی تنظیمی متشکل از 84 گره و 119 یال ترسیم شد. در نهایت یک مدل سه جزئی مرتبط با بقا ساخته شد که قادر به پیش‌بینی بقای بیماران بود.نتیجه‌گیری: نتایج این مطالعه نشان داد، مدل سه‌جزئی ساخته شده شامل یک eRNA و دو ژن دیگر می‌تواند به‌عنوان ابزار پیش‌آگهی‌دهنده در سرطان معده مورد استفاده قرار گیرد؛ اگرچه مطالعات گسترده‌تری برای کاربرد بالینی این مدل لازم است.
Keywords
