Viruses (Mar 2022)
Emergence of Two Distinct SARS-CoV-2 Gamma Variants and the Rapid Spread of P.1-like-II SARS-CoV-2 during the Second Wave of COVID-19 in Santa Catarina, Southern Brazil
- Dayane Azevedo Padilha,
- Vilmar Benetti Filho,
- Renato Simões Moreira,
- Tatiany Aparecida Teixeira Soratto,
- Guilherme Augusto Maia,
- Ana Paula Christoff,
- Fernando Hartmann Barazzetti,
- Marcos André Schörner,
- Fernanda Luiza Ferrari,
- Carolina Leite Martins,
- Eric Kazuo Kawagoe,
- Julia Kinetz Wachter,
- Paula Sachet,
- Antuani Rafael Baptistella,
- Aline Daiane Schlindwein,
- Bruna Kellet Coelho,
- Sandra Bianchini Fernandes,
- Darcita Buerger Rovaris,
- Marlei Pickler Debiasi dos Anjos,
- Fernanda Rosene Melo,
- Bianca Bittencourt,
- Sthefani Cunha,
- Karine Lena Meneghetti,
- Nestor Wendt,
- Tâmela Zamboni Madaloz,
- Marcus Vinícius Duarte Rodrigues,
- Doris Sobral Marques Souza,
- Milene Höehr de Moraes,
- Rodrigo de Paula Baptista,
- Guilherme Toledo-Silva,
- Guilherme Razzera,
- Edmundo Carlos Grisard,
- Patricia Hermes Stoco,
- Luiz Felipe Valter de Oliveira,
- Maria Luiza Bazzo,
- Gislaine Fongaro,
- Glauber Wagner
Affiliations
- Dayane Azevedo Padilha
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Vilmar Benetti Filho
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Renato Simões Moreira
- Instituto Federal de Santa Catarina, Lages 88506-400, Brazil
- Tatiany Aparecida Teixeira Soratto
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Guilherme Augusto Maia
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Ana Paula Christoff
- Biome-Hub Pesquisa e Desenvolvimento, Florianópolis 88054-700, Brazil
- Fernando Hartmann Barazzetti
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Marcos André Schörner
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Fernanda Luiza Ferrari
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Carolina Leite Martins
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Eric Kazuo Kawagoe
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Julia Kinetz Wachter
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Paula Sachet
- Universidade de São Paulo, São Paulo 05508-220, Brazil
- Antuani Rafael Baptistella
- Universidade do Oeste de Santa Catarina, Joaçaba 89600-000, Brazil
- Aline Daiane Schlindwein
- Secretaria de Estado da Saúde, Florianópolis 88015-130, Brazil
- Bruna Kellet Coelho
- Laboratório Central do Estado da Saúde de Santa Catarina, Florianópolis 88010-001, Brazil
- Sandra Bianchini Fernandes
- Laboratório Central do Estado da Saúde de Santa Catarina, Florianópolis 88010-001, Brazil
- Darcita Buerger Rovaris
- Laboratório Central do Estado da Saúde de Santa Catarina, Florianópolis 88010-001, Brazil
- Marlei Pickler Debiasi dos Anjos
- Laboratório Central do Estado da Saúde de Santa Catarina, Florianópolis 88010-001, Brazil
- Fernanda Rosene Melo
- Diretoria de Vigilância Epidemiológica de Santa Catarina, Florianópolis 88015-130, Brazil
- Bianca Bittencourt
- Diretoria de Vigilância Epidemiológica de Santa Catarina, Florianópolis 88015-130, Brazil
- Sthefani Cunha
- Serviço Nacional de Aprendizagem Industrial, Chapecó 70040-903, Brazil
- Karine Lena Meneghetti
- Serviço Nacional de Aprendizagem Industrial, Chapecó 70040-903, Brazil
- Nestor Wendt
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Tâmela Zamboni Madaloz
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Marcus Vinícius Duarte Rodrigues
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Doris Sobral Marques Souza
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Milene Höehr de Moraes
- Biome-Hub Pesquisa e Desenvolvimento, Florianópolis 88054-700, Brazil
- Rodrigo de Paula Baptista
- University of Georgia, Athens, GA 30602, USA
- Guilherme Toledo-Silva
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Guilherme Razzera
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Edmundo Carlos Grisard
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Patricia Hermes Stoco
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Luiz Felipe Valter de Oliveira
- Biome-Hub Pesquisa e Desenvolvimento, Florianópolis 88054-700, Brazil
- Maria Luiza Bazzo
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Gislaine Fongaro
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- Glauber Wagner
- Universidade Federal de Santa Catarina, Florianópolis 88040-900, Brazil
- DOI
- https://doi.org/10.3390/v14040695
- Journal volume & issue
-
Vol. 14,
no. 4
p. 695
Abstract
The western mesoregion of the state of Santa Catarina (SC), Southern Brazil, was heavily affected as a whole by the COVID-19 pandemic in early 2021. This study aimed to evaluate the dynamics of the SARS-CoV-2 virus spreading patterns in the SC state from March 2020 to April 2021 using genomic surveillance. During this period, there were 23 distinct variants, including Beta and Gamma, among which the Gamma and related lineages were predominant in the second pandemic wave within SC. A regionalization of P.1-like-II in the Western SC region was observed, concomitant to the increase in cases, mortality, and the case fatality rate (CFR) index. This is the first evidence of the regionalization of the SARS-CoV-2 transmission in SC and it highlights the importance of tracking the variants, dispersion, and impact of SARS-CoV-2 on the public health systems.
Keywords
