Diagnosis and genomic characterization of the largest western equine encephalitis virus outbreak in Uruguay during 2023–2024
Gonzalo Tomás,
Ana Marandino,
Sirley Rodríguez,
Gabriel Luz Wallau,
Filipe Zimmer Dezordi,
André Luiz Sá de Oliveira,
Claudia Techera,
Lucía Calleros,
Sofía Grecco,
Joaquín Williman,
Ramiro Pérez,
Lucía Bassetti,
Raúl Negro,
Lucía Moreira Marrero,
Adriana Delfraro,
Roberto Vidal,
Yanina Panzera,
Ruben Pérez
Affiliations
Gonzalo Tomás
Sección Genética Evolutiva, Facultad de Ciencias, Universidad de la República
Ana Marandino
Sección Genética Evolutiva, Facultad de Ciencias, Universidad de la República
Sirley Rodríguez
División de Laboratorios Veterinarios “Miguel C. Rubino,” Departamento de Virología, Dirección General de Servicios Ganaderos, Ministerio de Ganadería, Agricultura y Pesca
Gabriel Luz Wallau
Departamento de Entomología, Núcleo de Bioinformática, Instituto Aggeu Magalhães (IAM), Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Campus da UFPE—Cidade Universitária
Filipe Zimmer Dezordi
Departamento de Entomología, Núcleo de Bioinformática, Instituto Aggeu Magalhães (IAM), Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Campus da UFPE—Cidade Universitária
André Luiz Sá de Oliveira
Núcleo de Estatística e Geoprocessamento, Instituto Aggeu Magalhães (IAM)- Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ), Campus da UFPE—Cidade Universitária
Claudia Techera
Sección Genética Evolutiva, Facultad de Ciencias, Universidad de la República
Lucía Calleros
Sección Genética Evolutiva, Facultad de Ciencias, Universidad de la República
Sofía Grecco
Sección Genética Evolutiva, Facultad de Ciencias, Universidad de la República
Joaquín Williman
Sección Genética Evolutiva, Facultad de Ciencias, Universidad de la República
Ramiro Pérez
División de Laboratorios Veterinarios “Miguel C. Rubino,” Departamento de Virología, Dirección General de Servicios Ganaderos, Ministerio de Ganadería, Agricultura y Pesca
Lucía Bassetti
División de Laboratorios Veterinarios “Miguel C. Rubino,” Departamento de Virología, Dirección General de Servicios Ganaderos, Ministerio de Ganadería, Agricultura y Pesca
Raúl Negro
División de Laboratorios Veterinarios “Miguel C. Rubino,” Departamento de Virología, Dirección General de Servicios Ganaderos, Ministerio de Ganadería, Agricultura y Pesca
Lucía Moreira Marrero
Sección Virología, Facultad de Ciencias, Universidad de la República
Adriana Delfraro
Sección Virología, Facultad de Ciencias, Universidad de la República
Roberto Vidal
División de Sanidad Animal, Departamento de Programas Sanitarios, Dirección General de Servicios Ganaderos, Ministerio de Ganadería, Agricultura y Pesca
Yanina Panzera
Sección Genética Evolutiva, Facultad de Ciencias, Universidad de la República
Ruben Pérez
Sección Genética Evolutiva, Facultad de Ciencias, Universidad de la República
Abstract The Western equine encephalitis virus is transmitted between mosquitoes and wild birds. Mosquitoes spread the virus to horses and human populations, causing severe encephalitis and death. The most recent large outbreak occurred in South America from November 2023 to April 2024. We identified and genetically characterized Uruguayan strains during this outbreak to understand their evolutionary trends and rapid expansion. We obtained genomes from 15 strains using a novel multiplex PCR assay combined with next-generation Illumina sequencing. The phylogenetic analysis revealed that viruses from Uruguay and Brazil collected during the outbreak and an Argentine strain from 1958 share a common evolutionary origin and are distinct from North American strains. Phylogenetic and epidemiological data suggest that the outbreak originated in Argentina and spread to Uruguay and Brazil, likely by movements of infected birds. Genomic analysis also revealed mispairing in real-time PCR primers and probes that may affect official diagnostic protocols.
