O presente trabalho teve como objetivo avaliar a viabilidade do tratamento fúngico em reatores operados em regime de batelada escalonada durante duas etapas. Na primeira, foram operados dois reatores, um contendo o fungo Aspergillus niger, no qual foi obtida remoção de corante de 34,5%, e de DQO Bruta e Solúvel de 46% e 57%, respectivamente. No segundo reator, utilizou-se o fungo Phanerochaete chrysosporium, tendo sido a remoção média de corante de 32% e a remoção de DQO Bruta e Solúvel de 55% e 69%, respectivamente. Ao final dessa etapa, um novo reator foi operado em regime convencional utilizando Phanerochaete chrysosporium onde os dados foram superiores àqueles observados na batelada escalonada. A remoção de corante foi de 75%, e a remoção de DQO Bruta foi de 60%.