Canada Communicable Disease Report (Jan 2022)
Analyse épidémiologique de l’émergence et de la disparition du variant Kappa du SRAS-CoV-2 dans une région de la Colombie-Britannique, Canada
Abstract
Contexte : Le variant Kappa est désigné comme un variant d’intérêt (VI) du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2). Nous avons recensé 195 cas du variant Kappa dans une région de la Colombie-Britannique, au Canada, le plus grand agrégat spatio-temporel publié en Amérique du Nord. Objectifs : Décrire l’épidémiologie du variant Kappa en relation avec d’autres variants préoccupants (VP) du SRAS-CoV-2 en circulation dans la région afin de déterminer si l’épidémiologie du variant Kappa demande un statut de VI ou de VP. Méthodes : Les échantillons cliniques qui se sont avérés positifs pour le SRAS-CoV-2 collectés entre le 10 mars et le 2 mai 2021 ont été examinés pour la détection des VP circulants connus; environ 50 % des échantillons ont ensuite été sélectionnés pour le séquençage du génome entier. Une analyse épidémiologique a été réalisée en comparant les caractéristiques des cas Kappa aux principaux variants circulant dans la région (Alpha et Gamma) et aux cas non VP/VI. Résultats : Au total, 2 079 cas de maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) ont été signalés dans la région pendant la période d’étude, dont 54 % ont été sélectionnés pour le séquençage du génome entier. Les 1 131 cas séquencés ont été classés en Kappa, Alpha, Gamma et non VP/VI. Alors que les cas Alpha et Gamma se sont avérés avoir un taux d’attaque significativement plus élevé parmi les contacts familiaux par rapport aux cas non VI/VP, ce n’était pas le cas pour le variant Kappa. Conclusion : L’analyse épidémiologique soutient la désignation du variant Kappa comme un VI et non un VP. Les variants Alpha et Gamma se sont avérés plus transmissibles, ce qui explique leur domination ultérieure dans la région et la disparition rapide du variant Kappa. Les stratégies de surveillance des variants doivent mettre l’accent à la fois sur la détection des VP établis et sur la détection de nouveaux VP potentiels.
Keywords
