Generación de péptidos antimicrobianos mediante redes neuronales recurrentes

Abstract

Los péptidos antimicrobianos (AMP) han tomado importancia en el desarrollo de nuevos antibióticos debido a su papel como inhibidores, no solo de bacterias sino también de virus, hongos y parásitos, entre otros. Desde el descubrimiento de los AMP, se han reportado miles, sin embargo, muchos de ellos no son adecuados para aplicaciones terapéuticas debido a sus largas secuencias de aminoácidos, baja potencia antimicrobiana y altos costos de producción. En este trabajo, proponemos utilizar redes neuronales recurrentes (RNN) con células LSTM para generar péptidos más potentes y económicos. Realizamos diferentes experimentos generando AMP sintéticos entre 12 y 20 aminoácidos. Los resultados muestran que podemos usar RNN y mejorar el proceso de generación en comparación con el método de plantillas manuales.

Keywords

• resistencia antimicrobiana;
• péptidos sintéticos;
• virtual screening;
• aprendizaje profundo