Frontiers in Microbiology (Jan 2021)
Classification of the Zoonotic Hepatitis E Virus Genotype 3 Into Distinct Subgenotypes
- Florence Nicot,
- Chloé Dimeglio,
- Chloé Dimeglio,
- Marion Migueres,
- Marion Migueres,
- Nicolas Jeanne,
- Justine Latour,
- Florence Abravanel,
- Florence Abravanel,
- Florence Abravanel,
- Noémie Ranger,
- Agnès Harter,
- Martine Dubois,
- Sonia Lameiras,
- Sylvain Baulande,
- Sabine Chapuy-Regaud,
- Sabine Chapuy-Regaud,
- Sabine Chapuy-Regaud,
- Nassim Kamar,
- Nassim Kamar,
- Nassim Kamar,
- Sébastien Lhomme,
- Sébastien Lhomme,
- Sébastien Lhomme,
- Jacques Izopet,
- Jacques Izopet,
- Jacques Izopet
Affiliations
- Florence Nicot
- CHU de Toulouse, Hôpital Purpan, Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence du Virus de l’Hépatite E, Toulouse, France
- Chloé Dimeglio
- CHU de Toulouse, Hôpital Purpan, Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence du Virus de l’Hépatite E, Toulouse, France
- Chloé Dimeglio
- INSERM, U1043, Toulouse, France
- Marion Migueres
- CHU de Toulouse, Hôpital Purpan, Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence du Virus de l’Hépatite E, Toulouse, France
- Marion Migueres
- INSERM, U1043, Toulouse, France
- Nicolas Jeanne
- CHU de Toulouse, Hôpital Purpan, Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence du Virus de l’Hépatite E, Toulouse, France
- Justine Latour
- CHU de Toulouse, Hôpital Purpan, Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence du Virus de l’Hépatite E, Toulouse, France
- Florence Abravanel
- CHU de Toulouse, Hôpital Purpan, Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence du Virus de l’Hépatite E, Toulouse, France
- Florence Abravanel
- INSERM, U1043, Toulouse, France
- Florence Abravanel
- Department of Virology, Université Toulouse III Paul-Sabatier, Toulouse, France
- Noémie Ranger
- CHU de Toulouse, Hôpital Purpan, Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence du Virus de l’Hépatite E, Toulouse, France
- Agnès Harter
- CHU de Toulouse, Hôpital Purpan, Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence du Virus de l’Hépatite E, Toulouse, France
- Martine Dubois
- CHU de Toulouse, Hôpital Purpan, Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence du Virus de l’Hépatite E, Toulouse, France
- Sonia Lameiras
- Institut Curie Genomics of Excellence Platform, Institut Curie Research Center, Paris, France
- Sylvain Baulande
- Institut Curie Genomics of Excellence Platform, Institut Curie Research Center, Paris, France
- Sabine Chapuy-Regaud
- CHU de Toulouse, Hôpital Purpan, Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence du Virus de l’Hépatite E, Toulouse, France
- Sabine Chapuy-Regaud
- INSERM, U1043, Toulouse, France
- Sabine Chapuy-Regaud
- Department of Virology, Université Toulouse III Paul-Sabatier, Toulouse, France
- Nassim Kamar
- INSERM, U1043, Toulouse, France
- Nassim Kamar
- Department of Virology, Université Toulouse III Paul-Sabatier, Toulouse, France
- Nassim Kamar
- CHU de Toulouse, Hôpital Rangueil, Service de Néphrologie, Dialyse et Transplantation d’Organe, Toulouse, France
- Sébastien Lhomme
- CHU de Toulouse, Hôpital Purpan, Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence du Virus de l’Hépatite E, Toulouse, France
- Sébastien Lhomme
- INSERM, U1043, Toulouse, France
- Sébastien Lhomme
- Department of Virology, Université Toulouse III Paul-Sabatier, Toulouse, France
- Jacques Izopet
- CHU de Toulouse, Hôpital Purpan, Laboratoire de Virologie, Centre National de Référence du Virus de l’Hépatite E, Toulouse, France
- Jacques Izopet
- INSERM, U1043, Toulouse, France
- Jacques Izopet
- Department of Virology, Université Toulouse III Paul-Sabatier, Toulouse, France
- DOI
- https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.634430
- Journal volume & issue
-
Vol. 11
Abstract
Hepatitis E virus (HEV) genotype 3 is the most common genotype linked to HEV infections in Europe and America. Three major clades (HEV-3.1, HEV-3.2, and HEV-3.3) have been identified but the overlaps between intra-subtype and inter-subtype p-distances make subtype classification inconsistent. Reference sequences have been proposed to facilitate communication between researchers and new putative subtypes have been identified recently. We have used the full or near full-length HEV-3 genome sequences available in the Genbank database (April 2020; n = 503) and distance analyses of clades HEV-3.1 and HEV-3.2 to determine a p-distance cut-off (0.093 nt substitutions/site) in order to define subtypes. This could help to harmonize HEV-3 genotyping, facilitate molecular epidemiology studies and investigations of the biological and clinical differences between HEV-3 subtypes.
Keywords
