Cancers (Sep 2018)
Comprehensive Analysis of Germline Variants in Mexican Patients with Hereditary Breast and Ovarian Cancer Susceptibility
- Rosalía Quezada Urban,
- Clara Estela Díaz Velásquez,
- Rina Gitler,
- María Patricia Rojo Castillo,
- Max Sirota Toporek,
- Andrea Figueroa Morales,
- Oscar Moreno García,
- Lizbeth García Esquivel,
- Gabriela Torres Mejía,
- Michael Dean,
- Iván Delgado Enciso,
- Héctor Ochoa Díaz López,
- Fernando Rodríguez León,
- Virginia Jan,
- Víctor Hugo Garzón Barrientos,
- Pablo Ruiz Flores,
- Perla Karina Espino Silva,
- Jorge Haro Santa Cruz,
- Héctor Martínez Gregorio,
- Ernesto Arturo Rojas Jiménez,
- Luis Enrique Romero Cruz,
- Claudia Fabiola Méndez Catalá,
- Rosa María Álvarez Gómez,
- Verónica Fragoso Ontiveros,
- Luis Alonso Herrera,
- Isabelle Romieu,
- Luis Ignacio Terrazas,
- Yolanda Irasema Chirino,
- Cecilia Frecha,
- Javier Oliver,
- Sandra Perdomo,
- Felipe Vaca Paniagua
Affiliations
- Rosalía Quezada Urban
- Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
- Clara Estela Díaz Velásquez
- Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
- Rina Gitler
- Fundación Alma, CDMX 11560, Mexico
- María Patricia Rojo Castillo
- Fundación Alma, CDMX 11560, Mexico
- Max Sirota Toporek
- Fundación Alma, CDMX 11560, Mexico
- Andrea Figueroa Morales
- Fundación Alma, CDMX 11560, Mexico
- Oscar Moreno García
- Fundación Alma, CDMX 11560, Mexico
- Lizbeth García Esquivel
- Fundación Alma, CDMX 11560, Mexico
- Gabriela Torres Mejía
- Instituto Nacional de Salud Pública, 62100 Cuernavaca, Morelos, Mexico
- Michael Dean
- Division of Cancer Epidemiology and Genetics, National Cancer Institute, Bethesda, MD 20892, USA
- Iván Delgado Enciso
- Instituto Estatal de Cancerología de Colima, Colima 28000, Colima, Mexico
- Héctor Ochoa Díaz López
- Department of Health, El Colegio de la Frontera Sur (ECOSUR), San Cristóbal de Las Casas 29290, Chiapas, Mexico
- Fernando Rodríguez León
- Department of Health, El Colegio de la Frontera Sur (ECOSUR), San Cristóbal de Las Casas 29290, Chiapas, Mexico
- Virginia Jan
- Internal Medicine, Hospital de Especialidades Vida Mejor, ISSTECH, Tuxtla Gutiérrez 29040, Chiapas, Mexico
- Víctor Hugo Garzón Barrientos
- Hospital General de Chilpancingo, Chilpancingo de los Bravo 39019, Guerrero, Mexico
- Pablo Ruiz Flores
- Centro de Investigación Biomédica, Universidad Autónoma de Coahuila, Torreón 27000, Coahuila, Mexico
- Perla Karina Espino Silva
- Centro de Investigación Biomédica, Universidad Autónoma de Coahuila, Torreón 27000, Coahuila, Mexico
- Jorge Haro Santa Cruz
- Centro de Investigación Biomédica, Universidad Autónoma de Coahuila, Torreón 27000, Coahuila, Mexico
- Héctor Martínez Gregorio
- Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
- Ernesto Arturo Rojas Jiménez
- Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
- Luis Enrique Romero Cruz
- Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
- Claudia Fabiola Méndez Catalá
- Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
- Rosa María Álvarez Gómez
- Instituto Nacional de Cancerología, CDMX 14080, Mexico
- Verónica Fragoso Ontiveros
- Instituto Nacional de Cancerología, CDMX 14080, Mexico
- Luis Alonso Herrera
- Unidad de Investigación Biomédica en Cáncer, Instituto de Investigaciones Biomédicas-Instituto Nacional de Cancerología, CDMX 14080, Mexico
- Isabelle Romieu
- Center for Center for Research on Population Health, National Institute of Public Health, Cuernavaca 62100, Morelos, Mexico
- Luis Ignacio Terrazas
- Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
- Yolanda Irasema Chirino
- Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
- Cecilia Frecha
- Hospital Italiano, Buenos Aires C1199ABB, Argentina
- Javier Oliver
- Hospital Italiano, Buenos Aires C1199ABB, Argentina
- Sandra Perdomo
- Investigación en Nutrición, Genética y Metabolismo, Facultad de Medicina, Universidad El Bosque, Bogotá 110121, Colombia
- Felipe Vaca Paniagua
- Laboratorio Nacional en Salud, Diagnóstico Molecular y Efecto Ambiental en Enfermedades Crónico-Degenerativas, Facultad de Estudios Superiores Iztacala, Tlalnepantla, Estado de México 54090, Mexico
- DOI
- https://doi.org/10.3390/cancers10100361
- Journal volume & issue
-
Vol. 10,
no. 10
p. 361
Abstract
Hereditary breast and ovarian cancer syndrome (HBOC) represents 5–10% of all patients with breast cancer and is associated with high-risk pathogenic alleles in BRCA1/2 genes, but only for 25% of cases. We aimed to find new pathogenic alleles in a panel of 143 cancer-predisposing genes in 300 Mexican cancer patients with suspicion of HBOC and 27 high-risk patients with a severe family history of cancer, using massive parallel sequencing. We found pathogenic variants in 23 genes, including BRCA1/2. In the group of cancer patients 15% (46/300) had a pathogenic variant; 11% (33/300) harbored variants with unknown clinical significance (VUS) and 74% (221/300) were negative. The high-risk group had 22% (6/27) of patients with pathogenic variants, 4% (1/27) had VUS and 74% (20/27) were negative. The most recurrent mutations were the Mexican founder deletion of exons 9-12 and the variant p.G228fs in BRCA1, each found in 5 of 17 patients with alterations in this gene. Rare VUS with potential impact at the protein level were found in 21 genes. Our results show for the first time in the Mexican population a higher contribution of pathogenic alleles in other susceptibility cancer genes (54%) than in BRCA1/2 (46%), highlighting the high locus heterogeneity of HBOC and the necessity of expanding genetic tests for this disease to include broader gene panels.
Keywords
- BRCA1/2
- genetic screening
- hereditary breast cancer
- massive parallel sequencing
- gene panel
- pathogenic variants