Гены-кандидаты, ассоциированные с весом тела, у животных молочных пород крупного рогатого скота

Abstract

Признаки, связанные с весом тела в разном возрасте, хорошо коррелируют с продуктивностью, здоровьем и про- должительностью хозяйственного использования крупного рогатого скота. В то же время у крупного рогатого скота вес тела – признак с высокой наследуемостью. Полногеномный анализ ассоциаций позволяет найти генетические варианты и потенци- альные гены-кандидаты, контролирующие интересующий признак. Однако обзоры работ по изучению веса тела с помощью полногеномного анализа ассоциаций у животных молочных пород крупного рогатого скота практически отсутствуют. Целью этой работы было выявление потенциальных генов-кандидатов, ассоциированных с признаками веса тела, у животных молоч- ных пород крупного рогатого скота на основании исследований по полногеномному анализу ассоциаций. Поиск литературы проведен с использованием поискового запроса “Cattle AND Dairy AND Weight AND Genome-wide AND Association AND Study”. Критерием для включения публикации в нашу работу служила идентификация хотя бы одного гена-кандидата, достоверно ассоциированного с признаком, связанным с весом тела у животных молочной породы крупного рогатого скота. Количество пересечений между списками генов-кандидатов подсчитывали с помощью программы Venn. Анализ взаимодействий между генами/белками проводили с использованием веб-ресурса GeneMANIA; перепредставленные термины генной онтологии были найдены с помощью веб-инструмента DAVID. Было обнаружено 20 генов, ассоциированных в одной публикации с разными при- знаками веса либо с одинаковым признаком, но в нескольких публикациях. Среди них наибольшее количество пересечений имели гены TNNT3, DYRK4, AKAP3, GALNT8, NDUFA9 и KCNA1. Общие биохимические пути и белок-белковые взаимодействия были найдены для пар генов TNNT3–TNNI2 и FGF6–FGF23. Общие белковые домены были обнаружены у пар TNNT3–TNNI2, FGF6–FGF23 и KCNA1–KCNA6. При функциональной аннотации вышеупомянутого списка из 20 генов были выявлены перепредставленные термины генной онтологии, указывающие на обогащение списка генами, кодирующими белки комплекса тропонина (TNNT3 и TNNI2), белки калиевых каналов внутреннего выпрямления (KCNA1 и KCNA6), а также белки-рецепторы фактора роста фибро- бластов (FGF6 и FGF23).

Keywords

• крупный рогатый скот
• молочная порода
• вес тела
• полногеномный анализ ассоциаций
• ген-кандидат