Diversité du génome entier et dynamique démographique de la race ovine D'man

Abstract

D’man est une race ovine importante au Maroc présentant des traits reproductifs exceptionnels. Cependant, sa structure génétique et son état de consanguinité sont peu connus. Cette étude caractérise la diversité de D’man et sa dynamique démographique en utilisant les données génomiques de 30 moutons échantillonnés dans trois régions administratives (Drâa-Tafilalet, Sous-Massa et Guelmim-Ouednoun) pour inférer les paramètres de diversité génétique neutre. De plus, trois approches complémentaires ont été utilisées pour inférer la structure de la population: sNMF pour calculer les coefficients d'admixture individuels, Treemix pour générer un arbre de vraisemblance maximale et des événements de migration, et une analyse en composantes principales. Les résultats ont montré que la race D’man présentait un faible niveau d'hétérozygotie observée, un coefficient de consanguinité élevé et une valeur élevée de diversité nucléotidique par rapport à d'autres races locales. Ces valeurs étaient comparables dans les trois régions et peuvent s'expliquer par l'isolement de cette race et ses systèmes d'élevage typiques. Une certaine structuration géographique a été observée liée aux vallées dont les individus sont originaires. Bien qu'il y ait eu un niveau important de flux génétique, la race s'est révélée bien homogénéisée. L'arbre de vraisemblance maximale a révélé l'existence de deux sous-populations génétiquement distinctes lorsque chaque région administrative était traitée comme un groupe unique, indiquant la présence de deux lignées principales. La race D’man présente donc une diversité génétique remarquable, mais aussi une consanguinité considérable, à prendre en compte pour des programmes d'élevage et de conservation efficaces.

Keywords

• ovin
• génome entier
• diversité génétique
• structure géographique
• d’man