Actualidades Biológicas (Jan 2008)
DNA EXTRACTION FROM HEAVY OIL CONTAMINATED MICROCOSMS AND RPOB GENE PCR AMPLIFICATION EXTRACCIÓN DE ADN A PARTIR DE MICROCOSMOS CONTAMINADOS CON PETRÓLEO PESADO Y AMPLIFICACIÓN DEL GEN RPOB
Abstract
This work describes a new method for extracting genomic DNA from heavy oil-contaminated soils. This method combines soil washes using three washing solutions with enzymatic lysis (SW-EL method). The suitability of the SW-EL method was validated by extracting DNA from samples as small as 0.5 g from model microcosms comprising soil artificially contaminated with 1 and 10% (w/w) heavy petroleum and seeded with a bacterial consortium. Compared with an established protocol for lysis and DNA purification using the commercial kit GeneReleaserTM (Bioventures) (GRL method), the novel SW-EL method provided higher DNA yields. With the addition of GeneReleaser to the PCR reaction to function as a chelating resin, rpoB genes (serving as model genes) could be successfully amplified. The SW-EL method has potential to be of use for DNA-based analysis of microbial consortia present in heavy-oil contaminated soils.Este trabajo describe un nuevo método de extracción de ADN genómico de suelo contaminado con petróleo pesado. El método combina lavados del suelo usando tres soluciones de lavado con lisis enzimática de las células (método SW-EL). El método SW-EL fue validado mediante la extracción de ADN de muestras de 0,5 g tomadas de microcosmos preparados con suelo artificialmente contaminado con petróleo pesado al 1 y 10% (p/p) e inoculados con un consorcio bacteriano. Comparado con un protocolo establecido de lisis y obtención de ADN usando el kit comercial Gene ReleaserTM (Bioventures) (método GRL), el nuevo método SW-EL permitió obtener mayor cantidad de ADN. Con la adición de Gene Releaser como resina quelante a la reacción de PCR, los genes rpoB (usados como modelo) fueron amplificados, indicando que el método SW-EL puede ser usado para analizar los consorcios microbianos presentes en suelos contaminados con petróleos pesados.
