Emerging Microbes and Infections (Jan 2020)
The ongoing COVID-19 epidemic in Minas Gerais, Brazil: insights from epidemiological data and SARS-CoV-2 whole genome sequencing
- Joilson Xavier,
- Marta Giovanetti,
- Talita Adelino,
- Vagner Fonseca,
- Alana Vitor Barbosa da Costa,
- Adriana Aparecida Ribeiro,
- Katlin Nascimento Felicio,
- Clara Guerra Duarte,
- Marcos Vinicius Ferreira Silva,
- Álvaro Salgado,
- Mauricio Teixeira Lima,
- Ronaldo de Jesus,
- Allison Fabri,
- Cristiane Franco Soares Zoboli,
- Thales Gutemberg Souza Santos,
- Felipe Iani,
- Massimo Ciccozzi,
- Ana Maria Bispo de Filippis,
- Marilda Agudo Mendonça Teixeira de Siqueira,
- André Luiz de Abreu,
- Vasco de Azevedo,
- Dario Brock Ramalho,
- Carlos F. Campelo de Albuquerque,
- Tulio de Oliveira,
- Edward C. Holmes,
- José Lourenço,
- Luiz Carlos Junior Alcantara,
- Marluce Aparecida Assunção Oliveira
Affiliations
- Joilson Xavier
- Laboratório de Genética Celular e Molecular, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil
- Marta Giovanetti
- Laboratório de Genética Celular e Molecular, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil
- Talita Adelino
- Laboratório de Genética Celular e Molecular, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil
- Vagner Fonseca
- Laboratório de Genética Celular e Molecular, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil
- Alana Vitor Barbosa da Costa
- Laboratório Central de Saúde Pública, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Brazil
- Adriana Aparecida Ribeiro
- Laboratório Central de Saúde Pública, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Brazil
- Katlin Nascimento Felicio
- Laboratório Central de Saúde Pública, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Brazil
- Clara Guerra Duarte
- Laboratório Central de Saúde Pública, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Brazil
- Marcos Vinicius Ferreira Silva
- Laboratório Central de Saúde Pública, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Brazil
- Álvaro Salgado
- Laboratório de Genética Celular e Molecular, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil
- Mauricio Teixeira Lima
- Laboratório de Genética Celular e Molecular, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil
- Ronaldo de Jesus
- Laboratório de Genética Celular e Molecular, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil
- Allison Fabri
- Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil
- Cristiane Franco Soares Zoboli
- Laboratório Central de Saúde Pública, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Brazil
- Thales Gutemberg Souza Santos
- Laboratório Central de Saúde Pública, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Brazil
- Felipe Iani
- Laboratório de Genética Celular e Molecular, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil
- Massimo Ciccozzi
- University Campus Bio-Medico of Rome, Rome, Italy
- Ana Maria Bispo de Filippis
- Laboratório de Flavivírus, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil
- Marilda Agudo Mendonça Teixeira de Siqueira
- Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo, Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, Brazil
- André Luiz de Abreu
- Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública/Secretaria de Vigilância em Saúde, Ministério da Saúde, Brasília, Distrito Federal, Brazil
- Vasco de Azevedo
- Laboratório de Genética Celular e Molecular, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil
- Dario Brock Ramalho
- Secretaria de Estado de Saúde de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
- Carlos F. Campelo de Albuquerque
- Organização Pan-Americana da Saúde/Organização Mundial da Saúde, Brasília-DF, Brazil
- Tulio de Oliveira
- KwaZulu-Natal Research Innovation and Sequencing Platform (KRISP), College of Health Sciences, University of KwaZuluNatal, Durban 4001, South Africa
- Edward C. Holmes
- Marie Bashir Institute for Infectious Diseases and Biosecurity, School of Life and Environmental Sciences and School of Medical Sciences, University of Sydney, Sydney, NSW, Australia
- José Lourenço
- Department of Zoology, University of Oxford, Oxford OX1 3PS, UK
- Luiz Carlos Junior Alcantara
- Laboratório de Genética Celular e Molecular, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Minas Gerais, Brazil
- Marluce Aparecida Assunção Oliveira
- Laboratório Central de Saúde Pública, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte, Brazil
- DOI
- https://doi.org/10.1080/22221751.2020.1803146
- Journal volume & issue
-
Vol. 9,
no. 1
pp. 1824 – 1834
Abstract
ABSTRACTThe recent emergence of a coronavirus (SARS-CoV-2), first identified in the Chinese city of Wuhan in December 2019, has had major public health and economic consequences. Although 61,888 confirmed cases were reported in Brazil by 28 April 2020, little is known about the SARS-CoV-2 epidemic in this country. To better understand the recent epidemic in the second most populous state in southeast Brazil - Minas Gerais (MG) - we sequenced 40 complete SARS-CoV-2 genomes from MG cases and examined epidemiological data from three Brazilian states. Both the genome analyses and the geographical distribution of reported cases indicate for multiple independent introductions into MG. Epidemiological estimates of the reproductive number (R) using different data sources and theoretical assumptions suggest the potential for sustained virus transmission despite a reduction in R from the first reported case to the end of April 2020. The estimated date of SARS-CoV-2 introduction into Brazil was consistent with epidemiological data from the first case of a returned traveller from Lombardy, Italy. These findings highlight the nature of the COVID-19 epidemic in MG and reinforce the need for real-time and continued genomic surveillance strategies to better understand and prepare for the epidemic spread of emerging viral pathogens..
Keywords
