Технологія виробництва і переробки продуктів тваринництва (Jun 2023)
Порівняльний аналіз методів виділення ДНК із різних тканин риб
Abstract
Екстракція нуклеїнових кислот є початковим етапом молекулярно-генетичних досліджень. Ефективність застосування певної методики виділення ДНК визначається кількістю екстрагованої ДНК, ступенем деградації препарату, загальною тривалістю та трудомісткістю процедури. Під час досліджень рідкісних зникаючих видів і популяцій особливу увагу приділяють виділенню ДНК із джерел, які не спричиняють руйнувань чи загибелі організму. Метою дослідження було порівняння ефективності найбільш поширених методів виділення геномної ДНК із тканин риб для подальшого використання в полімеразній ланцюговій реакції – методу фенол-хлороформної екстракції, методу сольової екстракції та методу екстракції з перхлоратом натрію. Матеріалом для досліджень слугували зафіксовані в етанолі проби плавців, печінки та ікри, відібрані у особин стерляді. Дослідження впливу якості препарату ДНК на перебіг ПЛР проводили за використання двох видів ПЛР – сайт-специфічної, ампліфікуючи фрагмент гена cytochrome-b, та мультилокусної – ISSR-PCR з тринуклеотидним праймером (AGC)6T. Порівняння методик екстракції ДНК підтвердило, що всі вони уможливлюють отримання якісних препаратів ДНК як із свіжих, так і з архівних проб тканин риб для проведення сайт-специфічної ампліфікації. Вихід нуклеїнових кислот за використання різних тканин риб (плавців, печінки та ікри) неоднаковий, тому, коли необхідно отримати максимальну кількість ДНК, доцільно застосовувати методику сольової екстракції. У випадку мультилокусної ампліфікації, зокрема ISSR-PCR, різний ступінь очищення ДНК впливав на перебіг процесу ампліфікації. Додаткове очищення методом сорбції на силіцій оксиді дає змогу позбутися можливих інгібіторів ПЛР і отримати чіткі спектри електрофоретичного розділення продуктів ампліфікації, незважаючи на якість первинного препарату ДНК.
Keywords
