شناسایی نشانه های انتخاب مرتبط با آترزی دستگاه گوارش در گوساله های هلشتاین

Abstract

ضایعات انسدادی دستگاه گوارش از مهمترین مشکلات مادرزادی هستند که نتیجه آن، مرگ و میر گوساله­ها در مدت کوتاهی بعد از تولد است. ژژنوم شایع­ترین مکان بعد از مری برای انسداد کامل یا آترزی است که فقدان مادرزادی یا انسداد کامل قسمتی از حفره روده است. شناخت زودرس آترزی برای پیشگیری از عوارض بعدی آن ضروری است. هدف پژوهش حاضر، شناسایی نشانه­های انتخاب با استفاده از آماره نااریب تتا مرتبط با آترزی دستگاه گوارش در گوساله­های شیری هلشتاین است. به این منظور، مجموع 466 حیوان برای 777962 جایگاه نشانگری چندشکلی تک نوکلئوتیدی (SNP) با استفاده از تراشه­های Illumina 777K BovineHD تعیین ژنوتیپ شدند. پس از کنترل کیفیت داده­های اولیه در نهایت، 704242 نشانگر SNP و 466 رأس دام (375 رأس شاهد و 91 رأس موردی) وارد تجزیه­های بعدی شدند. با در نظر گرفتن صدک 9/99 کل ارزش­های تتا، هشت ناحیه ژنومی روی کروموزوم‌های 7، 12، 13، 21، 22، 23 (دو نقطه) و 29 شناسایی شدند. بررسی ژن­های گزارش شده در این مناطق نشان داد که در داخل یا مجاورت این نواحی، ژن­های CSF2، SIAH3، TMEM14A و SKIV2L قرار داشتند، که با رشد و توسعه جنین، طول روده کوچک، مرگ سلولی و انواع سرطان مرتبط هستند. همچنین بررسی بیوانفورماتیکی این مناطق نشان داد ژن­های موجود در این مناطق با جایگاه­های ژنی کنترل­کننده صفات کمّی مرتبط با حساسیت به بیماری و مسیرهای هستی­شناسی مرتبط با تنظیم تفرق و تمایز سلولی، فعالیت پروتئین­های کینازی و فعالیت سوخت و ساز سلولی هستند. نتایج این تحقیق می­تواند منبع اطلاعاتی ارزشمندی در زمینه شناسایی مناطق ژنومی و در نتیجه ژن­های مرتبط با آترزی در گاوهای هلشتاین فراهم آورد.

Keywords

• پویش ژنومی
• تفرق و تمایز سلولی
• چندشکلی تک نوکلئوتیدی
• ژن کاندیدا
• نقص مادرزادی