Spatiotemporal Dynamics of SARS-CoV-2 Variants During the First Year of the Pandemic Highlight the Earlier Emergence of the Zeta Variant of Interest in Brazil
Marília Mazzi Moraes,
Guilherme Rodrigues Fernandes Campos,
Cecília Artico Banho,
Alice Freitas Versiani,
Thayza Maria Izabel Lopes dos Santos,
Maisa Carla Pereira Parra,
Edoardo Lobl,
Tayna Manfrin Galvão,
Nikos Vasilakis,
Maurício Lacerda Nogueira
Affiliations
Marília Mazzi Moraes
Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP), São José do Rio Preto 15090-000, SP, Brazil
Guilherme Rodrigues Fernandes Campos
Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP), São José do Rio Preto 15090-000, SP, Brazil
Cecília Artico Banho
Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP), São José do Rio Preto 15090-000, SP, Brazil
Alice Freitas Versiani
Department of Pathology, University of Texas Medical Branch (UTMB), Galveston, TX 7555-0609, USA
Thayza Maria Izabel Lopes dos Santos
Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP), São José do Rio Preto 15090-000, SP, Brazil
Maisa Carla Pereira Parra
Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP), São José do Rio Preto 15090-000, SP, Brazil
Edoardo Lobl
Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP), São José do Rio Preto 15090-000, SP, Brazil
Tayna Manfrin Galvão
Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP), São José do Rio Preto 15090-000, SP, Brazil
Nikos Vasilakis
Department of Pathology, University of Texas Medical Branch (UTMB), Galveston, TX 7555-0609, USA
Maurício Lacerda Nogueira
Laboratório de Pesquisas em Virologia, Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP), São José do Rio Preto 15090-000, SP, Brazil
During the COVID-19 pandemic, SARS-CoV-2 caused an alarming number of cases and deaths worldwide. Brazil was severely affected from late 2020 onward, especially after the emergence of variants of concern (VOCs) and variants of interest (VOIs). Although much is known about the dynamics and evolution of SARS-CoV-2 VOIs and VOCs in the country, information is still lacking on how the cocirculation of several SARS-CoV-2 lineages, along with the lack of vaccination and low adherence to social isolation measures, shaped the first year of the COVID-19 pandemic in Brazil. We used a combination of genomic and epidemiological data to understand the transmission dynamics of SARS-CoV-2 variants from March to November 2020 within a medium-sized city in São Paulo state. By generating 627 SARS-CoV-2 whole genomes, we were able to identify 10 different SARS-CoV-2 lineages that were cocirculating in the municipality. Although many introduction events have been identified, B.1.1.28 and B.1.1.33 variants were the most frequent during the sampling period. We also detected the presence of the Zeta and N.9 variants earlier than had previously been reported in Brazil. These findings reinforce the need for active genomic surveillance to detect new viral introductions that may impact health systems during public health emergencies.
