Frontiers in Microbiology (Jul 2022)
A SARS-CoV-2 Negative Antigen Rapid Diagnostic in RT-qPCR Positive Samples Correlates With a Low Likelihood of Infectious Viruses in the Nasopharynx
- Isadora Alonso Corrêa,
- Débora Souza Faffe,
- Rafael Mello Galliez,
- Cássia Cristina Alves Gonçalves,
- Richard Araújo Maia,
- Gustavo Peixoto da Silva,
- Filipe Romero Rebello Moreira,
- Diana Mariani,
- Mariana Freire Campos,
- Isabela de Carvalho Leitão,
- Marcos Romário de Souza,
- Marcela Sabino Cunha,
- Érica Ramos dos Santos Nascimento,
- Liane de Jesus Ribeiro,
- Thais Felix Cordeiro da Cruz,
- Cintia Policarpo,
- Luis Gonzales,
- Mary A. Rodgers,
- Michael Berg,
- Roy Vijesurier,
- Gavin A. Cloherty,
- John Hackett,
- Orlando da Costa Ferreira,
- Terezinha Marta Pereira Pinto Castiñeiras,
- Amilcar Tanuri,
- Luciana Jesus da Costa
Affiliations
- Isadora Alonso Corrêa
- Laboratório de Genética e Imunologia das Infecções Virais, Departamento de Virologia, Instituto de Microbiologia Paulo de Góes, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Débora Souza Faffe
- Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Rafael Mello Galliez
- Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Cássia Cristina Alves Gonçalves
- Laboratório de Virologia Molecular, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Richard Araújo Maia
- Laboratório de Virologia Molecular, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Gustavo Peixoto da Silva
- Laboratório de Genética e Imunologia das Infecções Virais, Departamento de Virologia, Instituto de Microbiologia Paulo de Góes, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Filipe Romero Rebello Moreira
- Laboratório de Virologia Molecular, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Diana Mariani
- Laboratório de Virologia Molecular, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Mariana Freire Campos
- Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Isabela de Carvalho Leitão
- Departamento de Doenças Infecciosas e Parasitárias, Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Marcos Romário de Souza
- Laboratório de Genética e Imunologia das Infecções Virais, Departamento de Virologia, Instituto de Microbiologia Paulo de Góes, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Marcela Sabino Cunha
- Laboratório de Genética e Imunologia das Infecções Virais, Departamento de Virologia, Instituto de Microbiologia Paulo de Góes, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Érica Ramos dos Santos Nascimento
- Laboratório de Virologia Molecular, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Liane de Jesus Ribeiro
- Laboratório de Virologia Molecular, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Thais Felix Cordeiro da Cruz
- Laboratório de Virologia Molecular, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Cintia Policarpo
- Laboratório de Virologia Molecular, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Luis Gonzales
- Abbott Laboratories Inc., Chicago, IL, United States
- Mary A. Rodgers
- Abbott Laboratories Inc., Chicago, IL, United States
- Michael Berg
- Abbott Laboratories Inc., Chicago, IL, United States
- Roy Vijesurier
- Abbott Laboratories Inc., Chicago, IL, United States
- Gavin A. Cloherty
- Abbott Laboratories Inc., Chicago, IL, United States
- John Hackett
- Abbott Laboratories Inc., Chicago, IL, United States
- Orlando da Costa Ferreira
- Laboratório de Virologia Molecular, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Terezinha Marta Pereira Pinto Castiñeiras
- Faculdade de Medicina, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Amilcar Tanuri
- Laboratório de Virologia Molecular, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- Luciana Jesus da Costa
- Laboratório de Genética e Imunologia das Infecções Virais, Departamento de Virologia, Instituto de Microbiologia Paulo de Góes, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
- DOI
- https://doi.org/10.3389/fmicb.2022.912138
- Journal volume & issue
-
Vol. 13
Abstract
Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (SARS-CoV-2) transmission occurs even among fully vaccinated individuals; thus, prompt identification of infected patients is central to control viral circulation. Antigen rapid diagnostic tests (Ag-RDTs) are highly specific, but sensitivity is variable. Discordant RT-qPCR vs. Ag-RDT results are reported, raising the question of whether negative Ag-RDT in positive RT-qPCR samples could imply the absence of infectious viruses. To study the relationship between negative Ag-RDT results with virological, molecular, and serological parameters, we selected a cross-sectional and a follow-up dataset and analyzed virus culture, subgenomic RNA quantification, and sequencing to determine infectious viruses and mutations. We demonstrated that RT-qPCR positive while SARS-CoV-2 Ag-RDT negative discordant results correlate with the absence of infectious virus in nasopharyngeal samples. A decrease in sgRNA detection together with an expected increase in detectable anti-S and anti-N IgGs was also verified in these samples. The data clearly demonstrate that a negative Ag-RDT sample is less likely to harbor infectious SARS-CoV-2 and, consequently, has a lower transmissible potential.
Keywords
