Journal of Taibah University Medical Sciences (Jun 2022)
In-silico analysis of recombinant protein vaccines based on the spike protein of Indonesian SARS-CoV-2 through a reverse vaccinology approach
Abstract
الملخص: أهداف البحث: تهدف هذه الدراسة إلى إنتاج لقاح بروتين تجميعي مرشح مع حاتمة بروتين الشوكة من فيروس كورونا سارس -2 الإندونيسي الذي يمكن أن يكون مناعيا ووقائيا من العدوى المستقبلية. طرق البحث: تم استخدام نهج لقاح عكسي في هذا البحث لتحديد اللقاحات المحتملة المرشحة عن طريق فحص جينوم العامل الممرض من خلال التحليلات الحسابية. النتائج: بناء على نتائج هذه الدراسة، تم اختيار لقاح الحاتمة المرشحة مع تسلسل الأحماض الأمينية المحبة للماء، وليس لها القدرة على إحداث تفاعلات المناعة الذاتية والحساسية، مستضدات، مصنفة كبروتينات مستقرة، ومن المتوقع تقديمها في غشاء الخلية. تم تصنيع الحواتم المحددة في ناقل البلازميد (الثرومبين). إضافة ميزات لتركيبات اللقاح مثل إنزيم ترميز الجين ناقلات الغلوتاثيون، والذي يمكن أن يزيد من التعبير عن المستضد وقابلية ذوبانه، وبروتين ترميز الجين للبروتين غير الهيكلي 1-4، الذي يشفر البروتين الأساسي في التكاثر، تصبح قيمة مضافة للبروتين التجميعي الذي سينتج. الاستنتاجات: لقاح البروتين المؤتلف مع الحواتم التي تمت تجربتها لديهم معلمات كافية ليتم إنتاجها على نطاق معملي ولإجراء مزيد من الاختبارات. Abstract: Objectives: This study aimed to produce a recombinant protein vaccine candidate based on an epitope of spike protein from Indonesian SARS-CoV-2 to provide immunogenicity and protection against future infection. Methods: A reverse vaccinology approach was used to identify potential vaccine candidates by screening the pathogen's genome through computational analyses. Results: Epitope vaccine candidates with the amino acid sequence of FKNHTSPDV were selected. This peptide is hydrophilic, does not induce autoimmune and allergic reactions, is antigenic, is classified as a stable protein, and is predicted to be present in the cell membrane. The selected epitope sequences were inserted into the plasmid vector pcDNA3.1(+) N-GST (thrombin). Inclusion of additional features of the gene encoding glutathione-S transferase, which can increase antigen expression and solubility, and the genes encoding NSP 1–4 proteins, which are essential in replication, added value to the produced recombinant protein. Conclusion: Recombinant protein vaccine candidates with the FKNHTSPDV epitope have parameters sufficient for production on a laboratory scale for further testing.
