Proteomic dataset of the sea urchin Paracentrotus lividus adhesive organs and secreted adhesive
Nicolas Lebesgue,
Gonçalo da Costa,
Raquel Mesquita Ribeiro,
Cristina Ribeiro-Silva,
Gabriel G. Martins,
Valeria Matranga,
Arjen Scholten,
Carlos Cordeiro,
Albert J.R. Heck,
Romana Santos
Affiliations
Nicolas Lebesgue
Netherlands Proteomics Center, Padualaan 8, 3584 CH Utrecht, The Netherlands; Biomolecular Mass Spectrometry and Proteomics, Bijvoet Center for Biomolecular Research and Utrecht Institute of Pharmaceutical Sciences, Utrecht University, Padualaan 8, 3584 CH Utrecht, The Netherlands
Gonçalo da Costa
Centro de Química e Bioquímica, Departamento de Química e Bioquímica, Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Campo Grande, 1749-016 Lisboa, Portugal; Departamento de Química e Bioquímica, Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa, 1749-016 Lisboa, Portugal; Laboratório de FTICR e espectrometria de massa estrutural, Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa, 1749-016 Lisboa, Portugal
Raquel Mesquita Ribeiro
Centro de Química e Bioquímica, Departamento de Química e Bioquímica, Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Campo Grande, 1749-016 Lisboa, Portugal; Departamento de Química e Bioquímica, Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa, 1749-016 Lisboa, Portugal
Cristina Ribeiro-Silva
Centro de Química e Bioquímica, Departamento de Química e Bioquímica, Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Campo Grande, 1749-016 Lisboa, Portugal; Departamento de Química e Bioquímica, Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa, 1749-016 Lisboa, Portugal
Gabriel G. Martins
Instituto Gulbenkian de Ciência, R. da Quinta Grande 6, 2780-156 Oeiras, Portugal; Centro de Ecologia, Evolução e Alterações Ambientais, Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Campo Grande, 1749-016 Lisboa, Portugal
Valeria Matranga
Consiglio Nazionale delle Ricerche, Istituto di Biomedicina e Immunologia Molecolare, ‘Alberto Monroy’, Via Ugo La Malfa 153, 90146 Palermo, Italy
Arjen Scholten
Netherlands Proteomics Center, Padualaan 8, 3584 CH Utrecht, The Netherlands; Biomolecular Mass Spectrometry and Proteomics, Bijvoet Center for Biomolecular Research and Utrecht Institute of Pharmaceutical Sciences, Utrecht University, Padualaan 8, 3584 CH Utrecht, The Netherlands
Carlos Cordeiro
Centro de Química e Bioquímica, Departamento de Química e Bioquímica, Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Campo Grande, 1749-016 Lisboa, Portugal; Departamento de Química e Bioquímica, Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa, 1749-016 Lisboa, Portugal; Laboratório de FTICR e espectrometria de massa estrutural, Faculdade de Ciências, Universidade de Lisboa, 1749-016 Lisboa, Portugal
Albert J.R. Heck
Netherlands Proteomics Center, Padualaan 8, 3584 CH Utrecht, The Netherlands; Biomolecular Mass Spectrometry and Proteomics, Bijvoet Center for Biomolecular Research and Utrecht Institute of Pharmaceutical Sciences, Utrecht University, Padualaan 8, 3584 CH Utrecht, The Netherlands
Romana Santos
Centro de Química e Bioquímica, Departamento de Química e Bioquímica, Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Campo Grande, 1749-016 Lisboa, Portugal; MARE – Centro de Ciências do Mar e do Ambiente, Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Campo Grande, 1749-016 Lisboa, Portugal; Corresponding author at: MARE - Centro de Ciências do Mar e do Ambiente, Faculdade de Ciências da Universidade de Lisboa, Campo Grande, 1749-016 Lisboa, Portugal. Tel.: +351 21 750 0857; fax: +351 21 750 00 09.
Sea urchins have specialized adhesive organs called tube feet, which mediate strong but reversible adhesion. Tube feet are composed by a disc, producing adhesive and de-adhesive secretions for substratum attachment, and a stem for movement. After detachment the secreted adhesive remains bound to the substratum as a footprint. Recently, a label-free quantitative proteomic approach coupled with the latest mass-spectrometry technology was used to analyze the differential proteome of Paracentrotus lividus adhesive organ, comparing protein expression levels in the tube feet adhesive part (the disc) versus the non-adhesive part (the stem), and also to profile the proteome of the secreted adhesive (glue). This data article contains complementary figures and results related to the research article “Deciphering the molecular mechanisms underlying sea urchin reversible adhesion: a quantitative proteomics approach” (Lebesgue et al., 2016) [1]. Here we provide a dataset of 1384 non-redundant proteins, their fragmented peptides and expression levels, resultant from the analysis of the tube feet differential proteome. Of these, 163 highly over-expressed tube feet disc proteins (>3-fold), likely representing the most relevant proteins for sea urchin reversible adhesion, were further annotated in order to determine the potential functions. In addition, we provide a dataset of 611 non-redundant proteins identified in the secreted adhesive proteome, as well as their functional annotation and grouping in 5 major protein groups related with adhesive exocytosis, and microbial protection. This list was further analyzed to identify the most abundant protein groups and pinpoint putative adhesive proteins, such as Nectin, the most abundant adhesive protein in sea urchin glue. The obtained data uncover the key proteins involved in sea urchins reversible adhesion, representing a step forward to the development of new wet-effective bio-inspired adhesives. Keywords: Sea urchin, Paracentrotus lividus, Tube feet, Secreted, Adhesive, Quantitative proteomics
