mRNA and protein dataset of autophagy markers (LC3 and p62) in several cell lines
Rubén Gómez-Sánchez,
Sokhna M.S. Yakhine-Diop,
Mario Rodríguez-Arribas,
José M. Bravo-San Pedro,
Guadalupe Martínez-Chacón,
Elisabet Uribe-Carretero,
Diana C.J. Pinheiro de Castro,
Elisa Pizarro-Estrella,
José M. Fuentes,
Rosa A. González-Polo
Affiliations
Rubén Gómez-Sánchez
Centro de Investigación Biomédica en Red en Enfermedades Neurodegenerativas (CIBERNED), Spain; Department of Cell Biology, University of Groningen, University Medical Center Groningen, A. Deusinglaan 1, 9713 AV Groningen, The Netherlands
Sokhna M.S. Yakhine-Diop
Centro de Investigación Biomédica en Red en Enfermedades Neurodegenerativas (CIBERNED), Spain; Departamento de Bioquímica, Biología Molecular y Genética. Facultad de Enfermería y Terapia Ocupacional. Avda de la Universidad S/N C.P, 10003 Cáceres, Spain
Mario Rodríguez-Arribas
Centro de Investigación Biomédica en Red en Enfermedades Neurodegenerativas (CIBERNED), Spain; Departamento de Bioquímica, Biología Molecular y Genética. Facultad de Enfermería y Terapia Ocupacional. Avda de la Universidad S/N C.P, 10003 Cáceres, Spain
José M. Bravo-San Pedro
Centro de Investigación Biomédica en Red en Enfermedades Neurodegenerativas (CIBERNED), Spain; Equipe 11 labellisée Ligue contre le Cancer, Centre de Recherche des Cordeliers, 75006 Paris, France; INSERM U1138, 75006 Paris, France; Université Paris Descartes/Paris V, Sorbonne Paris Cité, 75006 Paris, France; Université Pierre et Marie Curie/Paris VI, 75006 Paris, France; Gustave Roussy Comprehensive Cancer Institute, 94805 Villejuif, France
Guadalupe Martínez-Chacón
Centro de Investigación Biomédica en Red en Enfermedades Neurodegenerativas (CIBERNED), Spain; Departamento de Bioquímica, Biología Molecular y Genética. Facultad de Enfermería y Terapia Ocupacional. Avda de la Universidad S/N C.P, 10003 Cáceres, Spain
Elisabet Uribe-Carretero
Centro de Investigación Biomédica en Red en Enfermedades Neurodegenerativas (CIBERNED), Spain; Departamento de Bioquímica, Biología Molecular y Genética. Facultad de Enfermería y Terapia Ocupacional. Avda de la Universidad S/N C.P, 10003 Cáceres, Spain
Diana C.J. Pinheiro de Castro
Centro de Investigación Biomédica en Red en Enfermedades Neurodegenerativas (CIBERNED), Spain; Departamento de Bioquímica, Biología Molecular y Genética. Facultad de Enfermería y Terapia Ocupacional. Avda de la Universidad S/N C.P, 10003 Cáceres, Spain
Elisa Pizarro-Estrella
Centro de Investigación Biomédica en Red en Enfermedades Neurodegenerativas (CIBERNED), Spain; Departamento de Bioquímica, Biología Molecular y Genética. Facultad de Enfermería y Terapia Ocupacional. Avda de la Universidad S/N C.P, 10003 Cáceres, Spain
José M. Fuentes
Centro de Investigación Biomédica en Red en Enfermedades Neurodegenerativas (CIBERNED), Spain; Departamento de Bioquímica, Biología Molecular y Genética. Facultad de Enfermería y Terapia Ocupacional. Avda de la Universidad S/N C.P, 10003 Cáceres, Spain; Corresponding authors.
Rosa A. González-Polo
Centro de Investigación Biomédica en Red en Enfermedades Neurodegenerativas (CIBERNED), Spain; Departamento de Bioquímica, Biología Molecular y Genética. Facultad de Enfermería y Terapia Ocupacional. Avda de la Universidad S/N C.P, 10003 Cáceres, Spain; Corresponding authors.
We characterized the dynamics of autophagy in vitro using four different cell systems and analyzing markers widely used in this field, i.e. LC3 (microtubule-associated protein 1 light chain 3; protein recruited from the cytosol (LC3-I) to the autophagosomal membrane where it is lipidated (LC3-II)) and p62/SQSTM1 (adaptor protein that serves as a link between LC3 and ubiquitinated substrates), (Klionsky et al., 2016) [1]. Data provided include analyses of protein levels of LC3 and p62 by Western-blotting and endogenous immunofluorescence experiments, but also p62 mRNA levels obtained by quantitative PCR (qPCR). To monitor the turnover of these autophagy markers and, thus, measure the flux of this pathway, cells were under starvation conditions and/or treated with bafilomycin A1 (Baf. A1) to block fusion of autophagosomes with lysosomes. Keywords: Autophagy, LC3, p62, Western-blot
