Biotechnologie, Agronomie, Société et Environnement (Jan 2014)
A review of inversion techniques related to the use of relationship matrices in animal breeding
Abstract
Synthèse bibliographique des techniques d'inversion impliquées dans l'utilisation de matrices de parenté en amélioration animale. En amélioration animale, les effets génétiques sont habituellement prédits par l'utilisation de modèles mixtes. Pour n'importe quel effet génétique, les modèles mixtes nécessitent l'inversion de la matrice de covariance associée à cet effet. Cette matrice est égale à la matrice de parenté associée, multipliée par le composant de la variance génétique également associé à cet effet. Etant donné la taille de nombreux systèmes d'évaluations génétiques, établir l'inverse de ces matrices de parenté peut s'avérer couteux d'un point de vue computationnel. Dans cette synthèse bibliographique, notre objectif est de passer en revue les techniques qui facilitent l'inversion de matrices de parenté utilisée en amélioration animale pour la prédiction des types d'effets génétiques suivants : effet additif, effet gamétique, effet dû à la présence de loci marqués de caractères quantitatifs, effet de dominance et différent effet d'épistasie. Les règles de construction de la matrice et les algorithmes d'inversion sont détaillés pour chaque matrice de parenté. Dans la discussion finale, nous esquissons un cadre théorique commun à la plupart des techniques d'inversion passées en revue. Deux contraintes computationnelles ressortent de ce cadre théorique : l'établissement de la matrice de dépendances entre niveaux de l'effet et celui de certaines parties (diagonales ou bloc-diagonales) de la matrice de parenté à inverser.
