O presente artigo apresenta um estudo sobre a compartimentação de blocos tectônicos e hidrogeológicos através da interpretação de morfoestruturas em diferentes escalas, visando aprimorar o entendimento sobre a distribuição espacial dos recursos hídricos subterrâneos no Sistema Aquífero Integrado Guarani/Serra Geral (SAIG/SG). A partir do uso de geotecnologias livres, pode-se definir ao menos 17 grandes blocos geomorfoestruturais que compartimentam o SAIG/SG. Os resultados demonstram que a metodologia para a definição dos blocos geomorfoestruturais, viabiliza e democratiza o conhecimento de pesquisas em gestão de águas subterrâneas.