Reporte de casos: alelos nulos y variantes Alélicas detectados en el laboratorio de identificación genética identigen de la universidad de Antioquia entre los anos 2008 y 2010

Abstract

Los alelos nulos, las nuevas variantes alélicas y la observación de tres alelos en algunos marcadores genéticos; son los hallazgos más comunes en la genotipificación durante el analisis de STRs. Los Alelos nulos (Allele Dropout/Null Allele): son alelos presentes en el ADN, pero no son amplificados debido a variaciones en la secuencia o mutaciones de las regiones que flanquean los primers de los marcadores genéticos, estos cambios generan un fracaso en la amplificación de uno o ambos alelos presentes en un locus particular. Producen decaimiento alélico en donde muestras heterocigotas aparecen como falsos homocigotos, estos alelos nulos o también llamados silentes suelen comprobarse con una amplificación realizada con un juego de primers diferentes a los utilizados en la primera amplificación. La presencia de variantes alélicas, llamadas alelos "off ladder", se determinan por comparación, en pares de bases con la escalera alélica determinada para cada kit utilizado y en algunos casos es confirmada con un kit diferente al utilizado inicialmente. El hallazgo de perfiles con tres alelos en diferentes marcadores genéticos se confirma con diferentes kits comerciales. Materiales y Métodos Se reportan algunos de los casos de muestras utilizadas para la determinación de pruebas de paternidad en el laboratorio IdentiGEN, desde el año 2008 hasta el primer semestre de 2010; utilizando los kit comerciales Identifiler, Powerplex 16 y un multiplex de tres marcadores genéticos que denominamos TRIPLEX y que fue desarrollado "in house" para la determinación de los marcadores genéticos D18S535, D2S1338 y SE33; en los que se observa la presencia de alelos nulos, variantes alélicas y patrones tríalelicos. Las muestras incluidas en este reporte fueron confirmadas por re extracción y nueva amplificación con un kit alterno diferente al utilizado en la primera amplificación en un ABI 3130 de la casa comercial Applied Biosystem.