АЛГОРИТМ ПРЕДСКАЗАНИЯ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ БЕЛКОВ НА ОСНОВЕ СТРУКТУРНОЙ ГОМОЛОГИИ

Abstract

Предлагается оригинальный алгоритм предсказания взаимодействия белков, основанный наструктурной схожести с экспериментально определенным интерфейсом белкового комплекса, отобранным из базы интерфейсов белковых комплексов. Пара свободных белков выравнивается на интерфейс из библиотеки белок-белковых интерфейсов. Выравнивание выполняется с помощью метода динамического программирования путем максимизации корреляции между матрицами расстояний отрезков интерфейса и белка.

Keywords

• алгоритм предсказания взаимодействия белков