Sakarya Tıp Dergisi (Jun 2022)
Tümör Doku Heterojenitesinin 2DE Proteomik Yaklaşımıyla Gösterilmesi
Abstract
Amaç: Birçok hastalığın ve kanserlerin biyolojik mekanizmalarının incelenmesinde yaygın olarak kullanılan proteomik yaklaşımlar, hastalık sürecinin izlenmesinde, biyobelirteçlerin ve potansiyel terapötik hedeflerin tanımlanmasında kullanılagelmektedir. Proteomik alanında kullanılan biyolojik örnekler arasında serum gibi biyolojik sıvılar ve doku gibi katı örnekler sayılabilir. Bu bağlamda analiz edilen doku örneklerinin kalitesi, örneğin alındığı bölgenin doğruluğu ve hatta örneğin alınmasından sonra proteomik araştırma laboratuarına ulaşıncaya kadar geçen süre gibi pre-analitik süreçler çok önemlidir. Biz bu çalışmamızda, tümör dokusu içerisinde iki farklı bölgeden alınan örneklerin çözünür proteom profillerini karşılaştırmayı ve varsa tümör heterojenitesini göstermeyi amaçladık. Gereç ve Yöntemler: Cushing sendromu tanısı ile opere edilen bir hastanın adrenokortikal tümör dokusunun iki farklı bölgesinden (adenoma ve adenoma içi) ve sağlıklı dokusundan elde edilen proteinler 2DE yöntemi ile ayrıştırılarak karşılaştırmalı analize tabi tutulmuştur. Örnekler arasında regülasyon düzeyinde farklılık görülen protein sayısı belirlenmiş ve jellerden kesilerek MALDI-TOF/TOF kütle spektrometresi aracılığı ile tanımlanmıştır. Bulgular: Kontrol dokusuna göre adenom bölgesinde 17 protein, adenom içi bölgede ise 13 proteinin seviyelerinde regülasyon tespit edilmiştir. Bu proteinler çoğu enerji metabolizması, hücre iskeleti organizasyonu ve hücresel stres ile ilişkili proteinlerdir. Sonuç: Bu çalışma tümör dokusu içerisinde örneğin alındığı bölgenin proteom profilini ne ölçüde etkilediğini göstermiştir. Tümör dokusundan iki farklı bölgeden aldığımız örneklerde daha çok enerji metabolizması ile ilişkili proteinler olmak üzere bazı proteinlerin ifadelerinde ciddi farklılıklar görülmüştür. Bu durum özellikle biyobelirteç arayışlarının olduğu çalışmalarda proteomik bulgularının yorumlanmasında dikkat edilmesi gerektiği ve proteomik çalışmalarında örnek sayısının mümkün olduğunca fazla tutulması gerektiğini vurgulamaktadır.
Keywords
