Introducción: la participación de estudiantes en su proceso formativo ha emergido como un estándar de calidad en educación médica. Sin embargo, existe escasa información sobre la perspectiva concreta de los estudiantes respecto a estrategias institucionales de participación y escasas experiencias reflexivas de su propio proceso formativo. Métodos: basado en el modelo de investigación participativa, un grupo de 104 estudiantes, docentes, y funcionarios administrativos de la Escuela de Medicina de la Pontificia Universidad Católica de Chile, participaron en un proceso de reflexión sistemático de 6 meses de duración relativo a participación estudiantil, estrategias e innovaciones en educación médica. El proceso culminó con la Jornada Docente Alumno Funcionario donde se abordaron aspectos específicos de los tópicos definidos. Resultados: se identificaron estrategias mixtas de participación que incluyeron elementos de los modelos de gobernanza, co-creación y alianzas. La excelencia, el respeto y la amabilidad fueron elementos centrales de la formación médica identificados por los estudiantes. Sin embargo, se identificó también la preponderancia de una cultura de competitividad por sobre una de colaboración a nivel formativo. Existió desacuerdo sobre la relevancia del compromiso social como parte del proceso formativo en Medicina. Se enfatizó la relevancia de la formación de habilidades de comunicación, trabajo interdisciplinario y retroalimentación. Conclusiones: la participación de estudiantes en su propio proceso formativo es factible, pero requiere estrategias específicas. Un proceso de reflexión sistemático en la comunidad académica puede exponer aspectos relevantes de la identidad formativa médica. Este proceso puede exponer competencias esenciales a profundizar tales como comunicación, trabajo interdisciplinario y retroalimentación.