虎皮鹦鹉全基因组中微卫星分布规律研究

Abstract

对虎皮鹦鹉(Melopsittacus undulatus)全基因组中微卫星分布特征进行了分析,查找到l～6个碱基重复类型的微卫星序列共90 346个,约占整个基因组总长度的序列(1.1 Gb)的0.41%,分布频率为82.9/Mb。不同类型微卫星中,单碱基重复类型数目最多,为50 349个,占总数的55.7%; 其次是二、四、三、五、六碱基重复单元序列,分别占到总数的16.3%,13.7%,10.8%,2.9%,0.5%。单碱基微卫星中A重复类型数量最多,二碱基中AT最多,三碱基中AAT,四碱基中AAAC最多,五碱基中AAAGA最多,六碱基中AACCCT最多。A、AT、C、AC、AAT、AAAC、AAAT、AGG、AGC、AG、AAAG、AAC、ATCC、AAGG、AGAT、ATC、AACC、ACC依次是虎皮鹦鹉基因组中分布数量最多的18种微卫星重复拷贝类型。本研究将为虎皮鹦鹉微卫星标记的分离筛选、遗传多样性的研究以及不同物种微卫星的比较分析奠定了基础。

Keywords

• 虎皮鹦鹉
• 基因组
• 微卫星