СІКВЕНС ГЕНОМУ BACILLUS PUMILUS ONU 554, ІЗОЛЬОВАНОГО З ГЛИБОКОВОДНИХ ДОННИХ ВІДКЛАДЕНЬ ЧОРНОГО МОРЯ

Abstract

Метою роботи було проаналізувати структуру генома бактерій штаму Bacillus sp. ONU 554, ізольованого з донних осадів Чорного моря, для його ідентифікації та виявлення генів, що відповідають за синтез біологічно активних сполук. Матеріали та методи. Об'єктом дослідження були структура та характеристика геному антагоністично активних бактерій штаму Bacillus pumilus ONU 554. Геномну ДНК було секвеновано з використанням секвенатора НiSeq 1500 (Illumina). Збирання геному виконано з використанням асемблеру Newbler версії 2.8, визначення видової приналежності штаму - за допомогою сервера TYGS, підрахунок ANI - з використанням Ezbiocloud. Анотування геному здійснили за допомогою серверів PATRIC та NCBI PGAP, пошук кластерів біосинтезу антибіотиків та бактеріоцинів - за допомогою antiSMASH та Bagel4, відповідно. Пошук детермінант патогенності виконувався за допомогою IslandViewer, резистентності до антибіотиків - ResFinder-3.2, пошук профагових елементів з використанням PHASTER. Результати. За даними повногеномного порівняння та 16S рРНК Bacillus sp. ONU 554 було ідентифіковано як Bacillus pumilus ONU 554. Його геном має розмір 3 642 544 п.о., який менший за геном типового штаму на 90 кб за рахунок ряду делецій. Виявлено плазміду, чотири профагових елементи, один з яких на плазміді та 14 біосинтетичних кластерів, з яких три належать бактеріоцинам. Висновки. Таким чином, можна стверджувати, що дані повногеновного секвенування є більш надійним інструментом видової ідентифікації ніж аналіз тотального жирно кислотного профілю, а штам, геном якого проаналізовано, може стати об’єктом для подальшої молекулярно-біотехнологічної роботи з вивчення та гетерологічної експресії виявлених кластерів.

Keywords

• bacillus pumilus
• анотація геному
• морські бактерії
• донні відкладення
• чорне море
• бактеріоцини
• антимікробні сполуки