اثر تعداد و توزیع اثرات QTL بر صحت پیش‌بینی‌های ژنومی برخی روش‌های آماری در یک صفت آستانه‌ای

Abstract

هدف این مطالعه استفاده از شبیه‌ سازی تصادفی برای محاسبه ارزش‌های اصلاحی ژنومی در سناریوهایی با تعداد و توزیع مختلف آماری برای اثرات QTL در یک صفت آستانه‌ای با استفاده از روش‌های بیزیA، B، C، L و R بود. برای شبیه سازی سناریوهای مختلف، ابتدا یک نسل پایه با تعداد 100 حیوان ایجاد شد که به مدت 50 نسل با هم آمیزش تصادفی داشتند. جمعیت مرجعی با اندازه 1000 حیوان از تلاقی تصادفی افراد نسل 50 ایجاد شد و برای این حیوانات یک صفت آستانه‌ای شبیه سازی شد. از تلاقی تصادفی افراد جمعیت مرجع، جمعیت تأیید ایجاد شد که فاقد اطلاعات فنوتیپی بودند. برای هر حیوان، ژنومی به طول 10 مورگان شبیه سازی شد و 10000 نشانگر با فواصل یکسان بر روی آن قرار گرفت. در هر سناریو QTL‌هایی با توزیع مختلف برای اثرات آن به صورت تصادفی بر روی ژنوم پخش شد. اثرات نشانگرها در جمعیت مرجع به وسیله روش‌های مختلف بیزی برآورد گردید و ارزش‌های اصلاحی ژنومی حیوانات فاقد فنوتیپ جمعیت تأیید با استفاده از این اثرات محاسبه شد. صحت ارزش‌های اصلاحی مبنای مقایسه سناریوهای مختلف این تحقیق قرار گرفت. در روش‌های بیزی مورد بررسی به استثنای روش بیزی R و L که در همه سناریوها صحت مشابهی داشتند، در بین سایر روش‌های بیزی، بیز B با تعداد دهQTL و توزیع گاما بالاترین صحت ارزش‌های اصلاحی را داشت. با افزایش تعداد QTL‌ها صحت ارزش‌های اصلاحی برآوردی با استفاده از روش‌های بیزی A، B وC کمتر شد، به گونه‌ای که برای تعداد 150 QTL و بالاتر صحت ارزش‌های اصلاحی آنها تقریبا برابر با روش بیزی R و L شد. به طور کلی نتایج این پژوهش نشان داد که روش‌های آماری مقایسه شده در معماری متفاوت صفت نتایج متفاوتی ارائه می‌دهند، ولی می‌توان برای صفات آستانه‌ای که با تعداد کمی ژن کنترل می‌شوند یا دارای یک یا چند ژن با اثر عمده هستند، از روش‌هایی مانند بیز B استفاده کرد.

Keywords

• انتخاب ژنومی
• روش‌های بیزی
• صفت آستانه‌ای
• qtl