Nature Communications (Jun 2021)
Population genomics of apricots unravels domestication history and adaptive events
- Alexis Groppi,
- Shuo Liu,
- Amandine Cornille,
- Stéphane Decroocq,
- Quynh Trang Bui,
- David Tricon,
- Corinne Cruaud,
- Sandrine Arribat,
- Caroline Belser,
- William Marande,
- Jérôme Salse,
- Cécile Huneau,
- Nathalie Rodde,
- Wassim Rhalloussi,
- Stéphane Cauet,
- Benjamin Istace,
- Erwan Denis,
- Sébastien Carrère,
- Jean-Marc Audergon,
- Guillaume Roch,
- Patrick Lambert,
- Tetyana Zhebentyayeva,
- Wei-Sheng Liu,
- Olivier Bouchez,
- Céline Lopez-Roques,
- Rémy-Félix Serre,
- Robert Debuchy,
- Joseph Tran,
- Patrick Wincker,
- Xilong Chen,
- Pierre Pétriacq,
- Aurélien Barre,
- Macha Nikolski,
- Jean-Marc Aury,
- Albert Glenn Abbott,
- Tatiana Giraud,
- Véronique Decroocq
Affiliations
- Alexis Groppi
- Univ. Bordeaux, Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB)
- Shuo Liu
- Univ. Bordeaux, INRAE, UMR 1332 Biologie du Fruit et Pathologie
- Amandine Cornille
- Université Paris Saclay, INRAE, CNRS, AgroParisTech, UMR GQE-Le Moulon
- Stéphane Decroocq
- Univ. Bordeaux, INRAE, UMR 1332 Biologie du Fruit et Pathologie
- Quynh Trang Bui
- Univ. Bordeaux, INRAE, UMR 1332 Biologie du Fruit et Pathologie
- David Tricon
- Univ. Bordeaux, INRAE, UMR 1332 Biologie du Fruit et Pathologie
- Corinne Cruaud
- Genoscope, Institut François Jacob, Commissariat à l’Energie Atomique (CEA), Université Paris-Saclay
- Sandrine Arribat
- French Plant Genomic Resource Center, INRAE-CNRGV
- Caroline Belser
- Genoscope, Institut François Jacob, Commissariat à l’Energie Atomique (CEA), Université Paris-Saclay
- William Marande
- French Plant Genomic Resource Center, INRAE-CNRGV
- Jérôme Salse
- INRAE/UBP UMR 1095 GDEC Genetique, Diversite et Ecophysiologie des Cereales, Laboratory PaleoEVO Paleogenomics & Evolution
- Cécile Huneau
- INRAE/UBP UMR 1095 GDEC Genetique, Diversite et Ecophysiologie des Cereales, Laboratory PaleoEVO Paleogenomics & Evolution
- Nathalie Rodde
- French Plant Genomic Resource Center, INRAE-CNRGV
- Wassim Rhalloussi
- French Plant Genomic Resource Center, INRAE-CNRGV
- Stéphane Cauet
- French Plant Genomic Resource Center, INRAE-CNRGV
- Benjamin Istace
- Genoscope, Institut François Jacob, Commissariat à l’Energie Atomique (CEA), Université Paris-Saclay
- Erwan Denis
- Genoscope, Institut François Jacob, Commissariat à l’Energie Atomique (CEA), Université Paris-Saclay
- Sébastien Carrère
- LIPME, Université de Toulouse, INRAE, CNRS
- Jean-Marc Audergon
- INRAE UR1052 GAFL, Domaine Saint Maurice
- Guillaume Roch
- INRAE UR1052 GAFL, Domaine Saint Maurice
- Patrick Lambert
- INRAE UR1052 GAFL, Domaine Saint Maurice
- Tetyana Zhebentyayeva
- The Schatz Center for Tree Molecular Genetics, Department of Ecosystem Science and Management, The Pennsylvania State University
- Wei-Sheng Liu
- Liaoning Institute of Pomology
- Olivier Bouchez
- INRAE, US 1426, GeT-PlaGe, Genotoul
- Céline Lopez-Roques
- INRAE, US 1426, GeT-PlaGe, Genotoul
- Rémy-Félix Serre
- INRAE, US 1426, GeT-PlaGe, Genotoul
- Robert Debuchy
- Université Paris-Saclay, CEA, CNRS, Institute for Integrative Biology of the Cell (I2BC)
- Joseph Tran
- EGFV, Bordeaux Sciences Agro, INRAE, Univ. Bordeaux, ISVV
- Patrick Wincker
- Genoscope, Institut François Jacob, Commissariat à l’Energie Atomique (CEA), Université Paris-Saclay
- Xilong Chen
- Université Paris Saclay, INRAE, CNRS, AgroParisTech, UMR GQE-Le Moulon
- Pierre Pétriacq
- Univ. Bordeaux, INRAE, UMR 1332 Biologie du Fruit et Pathologie
- Aurélien Barre
- Univ. Bordeaux, Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB)
- Macha Nikolski
- Univ. Bordeaux, Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB)
- Jean-Marc Aury
- Genoscope, Institut François Jacob, Commissariat à l’Energie Atomique (CEA), Université Paris-Saclay
- Albert Glenn Abbott
- Forest Health Research and Education Center, University of Kentucky
- Tatiana Giraud
- Ecologie Systématique et Evolution, CNRS, Université Paris-Saclay AgroParisTech
- Véronique Decroocq
- Univ. Bordeaux, INRAE, UMR 1332 Biologie du Fruit et Pathologie
- DOI
- https://doi.org/10.1038/s41467-021-24283-6
- Journal volume & issue
-
Vol. 12,
no. 1
pp. 1 – 16
Abstract
The evolutionary and domestication history of apricots is poorly understood. Here, the authors provide four apricot high-quality genome assemblies, the genomes of 578 accessions from natural and cultivated populations, and show that Chinese and European apricots constitute two different gene pools, resulting from independent domestication events.
