Tropical and Subtropical Agroecosystems (Nov 2023)

ENFOQUES GENÓMICOS Y TRANSCRIPTÓMICOS PARA ESTUDIAR ÁRBOLES MADERABLES: PERSPECTIVAS PARA EL ESTUDIO DE CEDRO ROJO (Cedrela odorata L.)

  • Lorena Jacqueline Gómez-Godínez,
  • Carlos Iván Cruz-Cárdenas,
  • Edith Rojas-Anaya,
  • Marco Aurelio Aragón-Magadan,
  • Luis Felipe Guzmán

DOI
https://doi.org/10.56369/tsaes.4773
Journal volume & issue
Vol. 27, no. 1

Abstract

Read online

Introducción: El enfoque genómico y transcriptómico de alto rendimiento se ha desarrollado e implementado para tratar los principales desafíos que el sector forestal maderable afronta como, el crecimiento poblacional, cambio climático, deforestación y la pérdida de los servicios ecosistémicos forestales. Objetivo: Realizar una revisión bibliográfica enfocada en los genomas y transcriptomas de árboles maderables reportados en las bases de datos, con especial atención en el cedro rojo (Cedrela odorata L.), debido a la importancia como madera preciosa en México. Metodología: Se realizó una revisión de literatura, dirigida en el estudio de los árboles maderables con estrategias genómica y transcriptómica, en diferentes bases de datos como Pubmed, Scopus, Google Scholar, ScienceDirect, Wiley Online Library, MDPI y Scielo para identificar las especies maderables que cuentan con genomas y transcriptomas reportados. La estructura de la revisión fue: la genómica de árboles maderables, la transcriptómica de la madera, las especies potenciales de estudio por su importancia y finalmente, las bases de datos para consulta. Posteriormente se realizó un estudio bibliométrico con la librería de bibliometrix en R Studio. Resultados principales: El primer genoma forestal en ser ensamblado a nivel de cromosoma fue el álamo negro. Entre los árboles maderables, están reportados los genomas de álamo negro, álamo del desierto, eucalipto y roble con una longitud de 392, 496, 691 y 789 Mb. Con el estudio del transcriptoma, ha sido posible identificar genes relacionados con la formación de la madera en un álamo híbrido (Populus alba L. × P. glandulosa) y P. tremula L. y con la tolerancia a la sequía en Pinus massoniana y Pinus pinaster Aiton. En cedro rojo (Cedrela odorata L.), se obtuvo el transcriptoma con la secuenciación de una sola hoja, identificando 52,181 modelos de genes. En las bases de datos NCBI, EMBL-EBI, TreeGenes, PLAZA y el sitio web de la genómica de la madera dura es posible encontrar información relacionada con la genómica y transcriptómica de las especies maderables. Implicaciones: Se requieren más investigaciones en el área de las ómicas en maderables, particularmente en cedro rojo, ya que la búsqueda en estos temas arrojó poca información Conclusión: A través de la revisión bibliográfica en las bases de datos, se identificaron los árboles maderables que cuentan con genoma y transcriptoma descritos. Dicha información puede ser utilizada para el ensamble y anotación de nuevos genomas, identificación de genes y marcadores moleculares, entre otras aplicaciones.

Keywords