Deteksi dan Identifikasi Nematoda Puru Akar (Meloidogyne spp.) pada Tanaman Bit Menggunakan Metode DNA Barcoding

Abstract

Identifikasi nematoda berdasarkan karakter morfologi memerluan ketelitian tinggi dan perlu didukung hasil identifikasi secara molekuler. Salah satu metode identifikasi molekuler ialah dengan DNA barcode. DNA barcode merupakan identifikasi molekuler dengan menggunakan gen cytochrome oksidase sub unit 1 (CO1). Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi NPA yang berasosiasi pada tanaman bit berdasarkan PCR dan perunutan nukleotida gen CO1 Meloidogyne. Sampel umbi bit diperoleh dari lahan pertanian yang terletak di Kecamatan Cipanas, Kabupaten Cianjur, Jawa Barat. Pengambilan sampel dilakukan dengan metode purposive sampling. Identifikasi morfologi dengan mengamati pola perineal NPA betina. Identifikasi molekuler meliputi ekstraksi, amplifikasi, visualisasi DNA, analisis peruntutan nukleotida dan filogenetika. Hasil pengamatan pola perineal secara morfologi didapatkan spesies M. incognita dan M. arenaria. Amplifikasi DNA yang dilakukan menggunakan primer spesifik CO1SIF (5’-GCCTGCATTTGGTTAG-‘3) dan CO1SIR (5’-TCAAACCAGTCCT-‘3), CO1SAF (5’-GGGTACTGGATGAACATTA-‘3) dan CO1SAR (5’-ACTTCAGGATGACCAAA-‘3)berhasil mendapatkan pita DNA berukuran ± 360 untuk M. arenaria dan ± 326 untuk M. incognita. Hasil sekuensing menunjukkan bahwa isolat M. incognita asal Indonesia berkerabat dekat dengan isolat M. incognita asal Cina, Amerika Serikat, Vietnam, dan Inggris dengan tingkat homologi 100%. Hasil analisis filogenetika menunjukkan bahwa M. incognita Indonesia masih satu kelompok dengan M. incognita asal Cina, Amerika Serikat, Vietnam dan Inggris. Adapun isolat M. arenaria berkerabat dekat dengan isolat M. arenaria asal Argentina dan Amerika Serikat dengan tingkat homologi 100%. Hasil analisis filogenetika menunjukkan bahwa M. arenaria asal Indonesia masih satu kelompok dengan M. arenaria asal Argentina dan Amerika Serikat.

Keywords

• CO1 gene
• homology
• phylogenetics
• sequencing
• DNA amplification