Nature Communications (Aug 2019)
Maximizing binary interactome mapping with a minimal number of assays
- Soon Gang Choi,
- Julien Olivet,
- Patricia Cassonnet,
- Pierre-Olivier Vidalain,
- Katja Luck,
- Luke Lambourne,
- Kerstin Spirohn,
- Irma Lemmens,
- Mélanie Dos Santos,
- Caroline Demeret,
- Louis Jones,
- Sudharshan Rangarajan,
- Wenting Bian,
- Eloi P. Coutant,
- Yves L. Janin,
- Sylvie van der Werf,
- Philipp Trepte,
- Erich E. Wanker,
- Javier De Las Rivas,
- Jan Tavernier,
- Jean-Claude Twizere,
- Tong Hao,
- David E. Hill,
- Marc Vidal,
- Michael A. Calderwood,
- Yves Jacob
Affiliations
- Soon Gang Choi
- Center for Cancer Systems Biology (CCSB), Dana-Farber Cancer Institute (DFCI)
- Julien Olivet
- Center for Cancer Systems Biology (CCSB), Dana-Farber Cancer Institute (DFCI)
- Patricia Cassonnet
- Département de Virologie, Unité de Génétique Moléculaire des Virus à ARN (GMVR), Institut Pasteur, UMR3569, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité
- Pierre-Olivier Vidalain
- Équipe Chimie, Biologie, Modélisation et Immunologie pour la Thérapie (CBMIT), Laboratoire de Chimie et Biochimie Pharmacologiques et Toxicologiques (LCBPT), Centre Interdisciplinaire Chimie Biologie-Paris (CICB-Paris), UMR8601, CNRS, Université Paris Descartes
- Katja Luck
- Center for Cancer Systems Biology (CCSB), Dana-Farber Cancer Institute (DFCI)
- Luke Lambourne
- Center for Cancer Systems Biology (CCSB), Dana-Farber Cancer Institute (DFCI)
- Kerstin Spirohn
- Center for Cancer Systems Biology (CCSB), Dana-Farber Cancer Institute (DFCI)
- Irma Lemmens
- Center for Medical Biotechnology, Vlaams Instituut voor Biotechnologie (VIB)
- Mélanie Dos Santos
- Département de Virologie, Unité de Génétique Moléculaire des Virus à ARN (GMVR), Institut Pasteur, UMR3569, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité
- Caroline Demeret
- Département de Virologie, Unité de Génétique Moléculaire des Virus à ARN (GMVR), Institut Pasteur, UMR3569, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité
- Louis Jones
- Centre de Bioinformatique, Biostatistique et Biologie Intégrative (C3BI), Institut Pasteur
- Sudharshan Rangarajan
- Center for Cancer Systems Biology (CCSB), Dana-Farber Cancer Institute (DFCI)
- Wenting Bian
- Center for Cancer Systems Biology (CCSB), Dana-Farber Cancer Institute (DFCI)
- Eloi P. Coutant
- Département de Biologie Structurale et Chimie, Unité de Chimie et Biocatalyse, Institut Pasteur, UMR3523, CNRS
- Yves L. Janin
- Département de Biologie Structurale et Chimie, Unité de Chimie et Biocatalyse, Institut Pasteur, UMR3523, CNRS
- Sylvie van der Werf
- Département de Virologie, Unité de Génétique Moléculaire des Virus à ARN (GMVR), Institut Pasteur, UMR3569, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris Diderot, Sorbonne Paris Cité
- Philipp Trepte
- Neuroproteomics, Max Delbrück Center for Molecular Medicine
- Erich E. Wanker
- Neuroproteomics, Max Delbrück Center for Molecular Medicine
- Javier De Las Rivas
- Cancer Research Center (CiC-IBMCC, CSIC/USAL), Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), University of Salamanca (USAL), Campus Miguel de Unamuno
- Jan Tavernier
- Center for Medical Biotechnology, Vlaams Instituut voor Biotechnologie (VIB)
- Jean-Claude Twizere
- Laboratory of Viral Interactomes, Unit of Molecular Biology of Diseases, Groupe Interdisciplinaire de Génomique Appliquée (GIGA Institute), University of Liège
- Tong Hao
- Center for Cancer Systems Biology (CCSB), Dana-Farber Cancer Institute (DFCI)
- David E. Hill
- Center for Cancer Systems Biology (CCSB), Dana-Farber Cancer Institute (DFCI)
- Marc Vidal
- Center for Cancer Systems Biology (CCSB), Dana-Farber Cancer Institute (DFCI)
- Michael A. Calderwood
- Center for Cancer Systems Biology (CCSB), Dana-Farber Cancer Institute (DFCI)
- Yves Jacob
- Center for Cancer Systems Biology (CCSB), Dana-Farber Cancer Institute (DFCI)
- DOI
- https://doi.org/10.1038/s41467-019-11809-2
- Journal volume & issue
-
Vol. 10,
no. 1
pp. 1 – 13
Abstract
Comprehensive mapping of binary protein-protein interactions requires to combine several complementary assays. Here, the authors show that complete coverage could be reached with a minimal number of assays as long as they explore various experimental conditions.
