Viruses (Dec 2023)
A Multiplex Nanopore Sequencing Approach for the Detection of Multiple Arboviral Species
- Joilson Xavier,
- Vagner Fonseca,
- Talita Adelino,
- Felipe C. M. Iani,
- Glauco C. Pereira,
- Myrian M. Duarte,
- Mauricio Lima,
- Emerson Castro,
- Carla Oliveira,
- Hegger Fritsch,
- Natalia Guimarães,
- Ludmila O. Lamounier,
- Fernanda Khouri Barreto,
- Camilo M. M. Braga de Oliveira,
- Crhistinne C. Maymone Gonçalves,
- Danielle Malta Lima,
- Elaine C. de Oliveira,
- Gislene G. de Castro Lichs,
- Iago Gomes,
- Janaina Mazaro,
- Janete T. N. Rodrigues,
- Jayra Abrantes,
- Jeová K. B. Colares,
- Kleber G. Luz,
- Luana Barbosa da Silva,
- Luiz Demarchi,
- Magaly C. B. Câmara,
- Marina C. S. Umaki Zardin,
- Rafaela Sabatini Mello Pinheiro,
- Rutilene Barbosa Souza,
- Simone K. Haddad,
- Stephanni Figueiredo da Silva,
- Svetoslav N. Slavov,
- Themis Rocha,
- Noelia Morel,
- Hector Chiparelli,
- Analía Burgueño,
- Victoria Bórmida,
- María N. Cortinas,
- Rosario S. Martín,
- Allan C. Pereira,
- Marcelo F. dos Santos,
- Walter André Júnior,
- Jairo Mendez Rico,
- Leticia Franco,
- Alexander Rosewell,
- Rodrigo F. do Carmo Said,
- Carlos F. C. de Albuquerque,
- Ethel L. Noia Maciel,
- Marília Santini de Oliveira,
- Rivaldo Venâncio da Cunha,
- Livia C. Vinhal Frutuoso,
- Ana M. B. de Filippis,
- Marta Giovanetti,
- Luiz Carlos Junior Alcantara
Affiliations
- Joilson Xavier
- Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Vagner Fonseca
- Organização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brasília 70800-400, Brazil
- Talita Adelino
- Laboratorio Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil
- Felipe C. M. Iani
- Laboratorio Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil
- Glauco C. Pereira
- Laboratorio Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil
- Myrian M. Duarte
- Laboratorio Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil
- Mauricio Lima
- Instituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte 30190-002, Brazil
- Emerson Castro
- Instituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte 30190-002, Brazil
- Carla Oliveira
- lnstituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil
- Hegger Fritsch
- Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Natalia Guimarães
- Laboratorio Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil
- Ludmila O. Lamounier
- Laboratorio Central de Saúde Pública do Estado de Minas Gerais, Fundação Ezequiel Dias, Belo Horizonte 30510-010, Brazil
- Fernanda Khouri Barreto
- Instituto Multidisciplinar em Saúde, Universidade Federal da Bahia, Vitória da Conquista 45029-094, Brazil
- Camilo M. M. Braga de Oliveira
- Laboratório Central de Saúde Pública do Acre, Rio Branco 69900-604, Brazil
- Crhistinne C. Maymone Gonçalves
- Secretaria de Saúde do estado do Mato Grosso do Sul, Campo Grande 79031-350, Brazil
- Danielle Malta Lima
- Faculty of the Graduate Program in Biotechnology (Renorbio), Universidade de Fortaleza, Fortaleza 60811-905, Brazil
- Elaine C. de Oliveira
- Laboratorio Central de Saúde Pública do Mato Grosso, Cuiabá 78060-628, Brazil
- Gislene G. de Castro Lichs
- Laboratorio Central de Saúde Pública do Mato Grosso do Sul, Campo Grande 79074-460, Brazil
- Iago Gomes
- Laboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Natal 59037-170, Brazil
- Janaina Mazaro
- Secretaria Estadual de Saúde do estado do Acre, Rio Branco 69900-064, Brazil
- Janete T. N. Rodrigues
- Laboratório Central de Saúde Pública do Acre, Rio Branco 69900-604, Brazil
- Jayra Abrantes
- Laboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Natal 59037-170, Brazil
- Jeová K. B. Colares
- Faculty of the Graduate Program in Biotechnology (Renorbio), Universidade de Fortaleza, Fortaleza 60811-905, Brazil
- Kleber G. Luz
- Department of Infectious Diseases, Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Natal 59078-900, Brazil
- Luana Barbosa da Silva
- Laboratorio Central de Saúde Pública do Mato Grosso, Cuiabá 78060-628, Brazil
- Luiz Demarchi
- Laboratorio Central de Saúde Pública do Mato Grosso do Sul, Campo Grande 79074-460, Brazil
- Magaly C. B. Câmara
- Laboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Natal 59037-170, Brazil
- Marina C. S. Umaki Zardin
- Laboratorio Central de Saúde Pública do Mato Grosso do Sul, Campo Grande 79074-460, Brazil
- Rafaela Sabatini Mello Pinheiro
- Laboratório de Citogenética, Universidade Federal do Acre, Rio Branco 69920-900, Brazil
- Rutilene Barbosa Souza
- Laboratório Central de Saúde Pública do Acre, Rio Branco 69900-604, Brazil
- Simone K. Haddad
- Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto 14051-140, Brazil
- Stephanni Figueiredo da Silva
- Laboratorio Central de Saúde Pública do Mato Grosso, Cuiabá 78060-628, Brazil
- Svetoslav N. Slavov
- Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Ribeirão Preto 14051-140, Brazil
- Themis Rocha
- Laboratório Central de Saúde Pública do Rio Grande do Norte, Natal 59037-170, Brazil
- Noelia Morel
- Departamento de Laboratorios de Salud Pública, Ministerio de Salud Pública, Montevideo 11200, Uruguay
- Hector Chiparelli
- Departamento de Laboratorios de Salud Pública, Ministerio de Salud Pública, Montevideo 11200, Uruguay
- Analía Burgueño
- Departamento de Laboratorios de Salud Pública, Ministerio de Salud Pública, Montevideo 11200, Uruguay
- Victoria Bórmida
- Departamento de Laboratorios de Salud Pública, Ministerio de Salud Pública, Montevideo 11200, Uruguay
- María N. Cortinas
- Departamento de Laboratorios de Salud Pública, Ministerio de Salud Pública, Montevideo 11200, Uruguay
- Rosario S. Martín
- Departamento de Laboratorios de Salud Pública, Ministerio de Salud Pública, Montevideo 11200, Uruguay
- Allan C. Pereira
- Laboratório de Fronteira Tabatinga, Tabatinga 69640-000, Brazil
- Marcelo F. dos Santos
- Laboratório de Fronteira Tabatinga, Tabatinga 69640-000, Brazil
- Walter André Júnior
- Laboratório de Fronteira Tabatinga, Tabatinga 69640-000, Brazil
- Jairo Mendez Rico
- Pan American Health Organization, Washington, DC 20037, USA
- Leticia Franco
- Pan American Health Organization, Washington, DC 20037, USA
- Alexander Rosewell
- Organização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brasília 70800-400, Brazil
- Rodrigo F. do Carmo Said
- Organização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brasília 70800-400, Brazil
- Carlos F. C. de Albuquerque
- Organização Pan-Americana da Saúde, Organização Mundial da Saúde, Brasília 70800-400, Brazil
- Ethel L. Noia Maciel
- Secretaria de Vigilância em Saúde e Ambiente, Ministério da Saúde, Brasília 70058-900, Brazil
- Marília Santini de Oliveira
- Coordenação Geral dos Laboratórios de Saúde Pública, Ministério da Saúde, Brasília 70058-900, Brazil
- Rivaldo Venâncio da Cunha
- Fundação Oswaldo Cruz, Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos, Rio de Janeiro 21040-090, Brazil
- Livia C. Vinhal Frutuoso
- Coordenação Geral das Arboviroses, Ministério da Saúde, Brasília 70058-900, Brazil
- Ana M. B. de Filippis
- lnstituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro 21040-900, Brazil
- Marta Giovanetti
- Instituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte 30190-002, Brazil
- Luiz Carlos Junior Alcantara
- Instituto Rene Rachou, Fundação Oswaldo Cruz, Belo Horizonte 30190-002, Brazil
- DOI
- https://doi.org/10.3390/v16010023
- Journal volume & issue
-
Vol. 16,
no. 1
p. 23
Abstract
The emergence and continued geographic expansion of arboviruses and the growing number of infected people have highlighted the need to develop and improve multiplex methods for rapid and specific detection of pathogens. Sequencing technologies are promising tools that can help in the laboratory diagnosis of conditions that share common symptoms, such as pathologies caused by emerging arboviruses. In this study, we integrated nanopore sequencing and the advantages of reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) to develop a multiplex RT-PCR protocol for the detection of Chikungunya virus (CHIKV) and several orthoflaviviruses (such as dengue (Orthoflavivirus dengue), Zika (Orthoflavivirus zikaense), yellow fever (Orthoflavivirus flavi), and West Nile (Orthoflavivirus nilense) viruses) in a single reaction, which provides data for sequence-based differentiation of arbovirus lineages.
Keywords
