基于二代测序的RhD阳性个体<italic>RHD</italic>基因mRNA选择性剪接分析

Abstract

目的本研究旨在对RhD阳性个体中红细胞特异性表达的RHD基因不同转录本进行分析，并对选择性剪接发生的机制进行初步探讨。方法利用体外有核红细胞培养体系分离并培养RhD阳性个体的有核红细胞，使用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）技术对RhD阳性个体RHD基因外显子6至3’非编码区扩增后进行二代测序，分析mRNA转录本，并采用生物信息学方法分析RHD基因所有外显子5’及3’剪接位点的最大熵值。结果RHD基因的转录本以正常全长mRNA为主，除此之外还存在其他8种异常转录本。按照表达量从多到少，分别为外显子7缺失、外显子9缺失、外显子8和9缺失、外显子7、8和9缺失、外显子7和9缺失、外显子8和9缺失合并外显子7与10间插入一段170 bp的内含子7片段、全长mRNA但插入170 bp的内含子7片段和外显子9缺失但插入一170 bp的内含子7片段，其中最后3种为新转录本。生物信息学分析提示外显子7和外显子9异常剪接可能与其5’-剪接位点（5’-splice site，5’ss）或3’ss和剪接体结合能力下降有关，而内含子7片段异常表达于转录本中可能与其两端存在类似5’ss和3’ss剪接保守序列有关。结论RHD基因存在十分复杂的选择性剪接模式，使RhD阳性个体的RHD基因在mRNA水平上存在多种不同的剪接转录本。

Keywords

• RhD阳性;二代测序;转录本;剪接