Viruses (Mar 2023)
The Omicron Lineages BA.1 and BA.2 (<i>Betacoronavirus</i> SARS-CoV-2) Have Repeatedly Entered Brazil through a Single Dispersal Hub
- Alessandra P. Lamarca,
- Ueric José Borges de Souza,
- Filipe Romero Rebello Moreira,
- Luiz G. P. de Almeida,
- Mariane Talon de Menezes,
- Adrieli Barboza de Souza,
- Alessandro Clayton de Souza Ferreira,
- Alexandra L. Gerber,
- Aline B. de Lima,
- Ana Paula de C. Guimarães,
- Andréa Cony Cavalcanti,
- Aryel B. Paz e Silva,
- Bruna Israel Lima,
- Cirley Lobato,
- Cristiane Gomes Da Silva,
- Cristiane P. T. B. Mendonça,
- Daniel Costa Queiroz,
- Danielle Alves Gomes Zauli,
- Diego Menezes,
- Fábio Sossai Possebon,
- Franciano Dias Pereira Cardoso,
- Frederico Scott Varella Malta,
- Isabela Braga-Paz,
- Joice do Prado Silva,
- Jorge Gomes Goulart Ferreira,
- Jucimária Dantas Galvão,
- Leandro Magalhães de Souza,
- Leonardo Ferreira,
- Lia Gonçalves Possuelo,
- Liliane Tavares de Faria Cavalcante,
- Luige B. Alvim,
- Luiz Fellype Alves de Souza,
- Luiza C. G. de Araújo E Santos,
- Rillery Calixto Dias,
- Rutilene Barbosa Souza,
- Thaís Regina y Castro,
- Andréia Rosane de Moura Valim,
- Fabrício Souza Campos,
- João Pessoa Araujo,
- Priscila de Arruda Trindade,
- Renato S. Aguiar,
- Robson Michael Delai,
- Ana Tereza R de Vasconcelos
Affiliations
- Alessandra P. Lamarca
- Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis 25651-075, Brazil
- Ueric José Borges de Souza
- Laboratório de Bioinformática e Biotecnologia, Universidade Federal do Tocantins, Campus de Gurupi, Palmas 77410-570, Brazil
- Filipe Romero Rebello Moreira
- Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-901, Brazil
- Luiz G. P. de Almeida
- Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis 25651-075, Brazil
- Mariane Talon de Menezes
- Laboratório de Virologia Molecular, Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro 21941-901, Brazil
- Adrieli Barboza de Souza
- Centro de Medicina Tropical da Tríplice Fronteira, Foz do Iguaçu 85866-010, Brazil
- Alessandro Clayton de Souza Ferreira
- Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil
- Alexandra L. Gerber
- Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis 25651-075, Brazil
- Aline B. de Lima
- Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil
- Ana Paula de C. Guimarães
- Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis 25651-075, Brazil
- Andréa Cony Cavalcanti
- Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels, Rio de Janeiro 20231-092, Brazil
- Aryel B. Paz e Silva
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Bruna Israel Lima
- Laboratório de Biologia Molecular, Parque Científico e Tecnológico Regional, Universidade de Santa Cruz do Sul, Santa Cruz do Sul 96815-900, Brazil
- Cirley Lobato
- Centro de Ciências de Saúde e do Desporto, Universidade Federal do Acre, Rio Branco 69920-900, Brazil
- Cristiane Gomes Da Silva
- Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels, Rio de Janeiro 20231-092, Brazil
- Cristiane P. T. B. Mendonça
- Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil
- Daniel Costa Queiroz
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Danielle Alves Gomes Zauli
- Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil
- Diego Menezes
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Fábio Sossai Possebon
- Instituto de Biotecnologia, Universidade Estadual Paulista, Botucatu 18618-689, Brazil
- Franciano Dias Pereira Cardoso
- Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Tocantins, Palmas 77054-970, Brazil
- Frederico Scott Varella Malta
- Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil
- Isabela Braga-Paz
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Joice do Prado Silva
- Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil
- Jorge Gomes Goulart Ferreira
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Jucimária Dantas Galvão
- Laboratório Central de Saúde Pública do Estado do Tocantins, Palmas 77054-970, Brazil
- Leandro Magalhães de Souza
- Laboratório Central de Saúde Pública Noel Nutels, Rio de Janeiro 20231-092, Brazil
- Leonardo Ferreira
- Centro de Medicina Tropical da Tríplice Fronteira, Foz do Iguaçu 85866-010, Brazil
- Lia Gonçalves Possuelo
- Departmento de Ciências da Vida, Universidade de Santa Cruz do Sul, Santa Cruz do Sul 96815-900, Brazil
- Liliane Tavares de Faria Cavalcante
- Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis 25651-075, Brazil
- Luige B. Alvim
- Departamento de Pesquisa & Desenvolvimento, Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte 30140-070, Brazil
- Luiz Fellype Alves de Souza
- Centro de Infectologia Charles Mérieux and Laboratório Rodolphe Mérieux, Hospital das Clínicas do Acre, Rio Branco 69920-223, Brazil
- Luiza C. G. de Araújo E Santos
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Rillery Calixto Dias
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Rutilene Barbosa Souza
- Centro de Infectologia Charles Mérieux and Laboratório Rodolphe Mérieux, Hospital das Clínicas do Acre, Rio Branco 69920-223, Brazil
- Thaís Regina y Castro
- Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica, Universidade Federal de Santa Maria, Santa Maria 97105-900, Brazil
- Andréia Rosane de Moura Valim
- Departmento de Ciências da Vida, Universidade de Santa Cruz do Sul, Santa Cruz do Sul 96815-900, Brazil
- Fabrício Souza Campos
- Laboratório de Virologia, Departamento de Microbiologia, Imunologia e Parasitologia, Instituto de Ciências Básicas da Saúde, Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Porto Alegre 90010-150, Brazil
- João Pessoa Araujo
- Instituto de Biotecnologia, Universidade Estadual Paulista, Botucatu 18618-689, Brazil
- Priscila de Arruda Trindade
- Laboratório de Biologia Molecular e Bioinformática Aplicadas a Microbiologia Clínica, Universidade Federal de Santa Maria, Santa Maria 97105-900, Brazil
- Renato S. Aguiar
- Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte 31270-901, Brazil
- Robson Michael Delai
- Centro de Medicina Tropical da Tríplice Fronteira, Foz do Iguaçu 85866-010, Brazil
- Ana Tereza R de Vasconcelos
- Laboratório de Bioinformática, Laboratório Nacional de Computação Científica, Petrópolis 25651-075, Brazil
- DOI
- https://doi.org/10.3390/v15040888
- Journal volume & issue
-
Vol. 15,
no. 4
p. 888
Abstract
Brazil currently ranks second in absolute deaths by COVID-19, even though most of its population has completed the vaccination protocol. With the introduction of Omicron in late 2021, the number of COVID-19 cases soared once again in the country. We investigated in this work how lineages BA.1 and BA.2 entered and spread in the country by sequencing 2173 new SARS-CoV-2 genomes collected between October 2021 and April 2022 and analyzing them in addition to more than 18,000 publicly available sequences with phylodynamic methods. We registered that Omicron was present in Brazil as early as 16 November 2021 and by January 2022 was already more than 99% of samples. More importantly, we detected that Omicron has been mostly imported through the state of São Paulo, which in turn dispersed the lineages to other states and regions of Brazil. This knowledge can be used to implement more efficient non-pharmaceutical interventions against the introduction of new SARS-CoV variants focused on surveillance of airports and ground transportation.
Keywords
