PyroTyping, a novel pyrosequencing-based assay for Mycobacterium tuberculosis genotyping

B. Molina-Moya; A. Lacoma; N. García-Sierra; S. Blanco; L. Haba; S. Samper; J. Ruiz-Manzano; C. Prat; C. Arnold; J. Domínguez

doi:10.1038/s41598-017-06760-5

Scientific Reports (Jul 2017)

PyroTyping, a novel pyrosequencing-based assay for Mycobacterium tuberculosis genotyping

B. Molina-Moya,
A. Lacoma,
N. García-Sierra,
S. Blanco,
L. Haba,
S. Samper,
J. Ruiz-Manzano,
C. Prat,
C. Arnold,
J. Domínguez

Affiliations

B. Molina-Moya: Servei de Microbiologia, Hospital Universitari Germans Trias i Pujol, Institut d’Investigació Germans Trias i Pujol, Universitat Autònoma de Barcelona, Carretera del Canyet s/n
A. Lacoma: Servei de Microbiologia, Hospital Universitari Germans Trias i Pujol, Institut d’Investigació Germans Trias i Pujol, Universitat Autònoma de Barcelona, Carretera del Canyet s/n
N. García-Sierra: Servei de Microbiologia, Hospital Universitari Germans Trias i Pujol, Institut d’Investigació Germans Trias i Pujol, Universitat Autònoma de Barcelona, Carretera del Canyet s/n
S. Blanco: Servei de Microbiologia, Hospital Universitari Germans Trias i Pujol, Institut d’Investigació Germans Trias i Pujol, Universitat Autònoma de Barcelona, Carretera del Canyet s/n
L. Haba: Servei de Microbiologia, Hospital Universitari Germans Trias i Pujol, Institut d’Investigació Germans Trias i Pujol, Universitat Autònoma de Barcelona, Carretera del Canyet s/n
S. Samper: CIBER Enfermedades Respiratorias (CIBERES), Instituto de Salud Carlos III
J. Ruiz-Manzano: Servei de Pneumologia, Hospital Universitari Germans Trias i Pujol, Institut d’Investigació Germans Trias i Pujol, Universitat Autònoma de Barcelona, Carretera del Canyet s/n
C. Prat: Servei de Microbiologia, Hospital Universitari Germans Trias i Pujol, Institut d’Investigació Germans Trias i Pujol, Universitat Autònoma de Barcelona, Carretera del Canyet s/n
C. Arnold: Genomic Services and Development Unit, Public Health England
J. Domínguez: Servei de Microbiologia, Hospital Universitari Germans Trias i Pujol, Institut d’Investigació Germans Trias i Pujol, Universitat Autònoma de Barcelona, Carretera del Canyet s/n

DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-017-06760-5
Journal volume & issue: Vol. 7, no. 1
pp. 1 – 7

Abstract

Read online

Abstract We developed a novel method, PyroTyping, for discrimination of Mycobacterium tuberculosis isolates combining pyrosequencing and IS6110 polymorphism. A total of 100 isolates were analysed with IS6110-restriction fragment length polymorphism (RFLP), spoligotyping, mycobacterial interspersed repetitive units – variable number tandem repeats (MIRU-VNTR), and PyroTyping. PyroTyping results regarding clustering or discrimination of the isolates were highly concordant with the other typing methods performed. PyroTyping is more rapid than RFLP and presents the same discriminatory power, thus, it may be useful for taking timely decisions for tuberculosis control.

Published in Scientific Reports

ISSN: 2045-2322 (Online)
Publisher: Nature Portfolio
Country of publisher: United Kingdom
LCC subjects: Medicine; Science
Website: https://www.nature.com/srep/

About the journal