شناسایی و بررسی خصوصیات مولکولی جدایه‌های ویروس کوتولگی زرد پیاز (Onion yellow dwarf virus) در برخی از مناطق کشت سیر در ایران

Abstract

ویروس کوتولگی زرد پیاز (Onion yellow dwarf virus, OYDV)، یک پوتی ویروس مهم و خسارت‌زا در سیر بوده که باعث ظهور رگه‌های کلروتیک خفیف تا زرد روشن در برگ‌های آلوده می‌شود. به دنبال گسترش علائم، کاهش رشد و اندازه قپه‌های سیر نیز رخ می‌دهد، اما به طور کلی اصلی‌ترین علامت آلودگی OYDV هم در سیر و هم در پیاز وقوع کوتولگی در میزبان آلوده است. به منظور شناسایی و تعیین برخی از خصوصیات مولکولی و بیولوژیکی OYDV در کشور، در سال‌های 1397-1396 تعداد 68 نمونه برگی مشکوک به آلودگی از مزارع سیر در استان‌های خراسان رضوی، مازندران، لرستان، کرمان و خوزستان جمع آوری شد. در واکنش زنجیره‌ای پلیمراز با انجام نسخه‌برداری معکوس (Reverse Transcription-PCR, RT-PCR) با استفاده از یک جفت آغازگر دژنره مربوط به ژن CI، قطعه 700 جفت بازی در 54 نمونه تکثیر شد. جهت انجام آنالیز ژنومی و تعیین روابط فیلوژنتیکی در جدایه‌های ایرانی، تعداد 7 نمونه برگی دارای علائم مشخص بیماری به عنوان نماینده از هریک از مناطق نمونه‌برداری انتخاب شدند. این جدایه‌ها پس از همسانه سازی در ناقل pTG19-T، به شرکت ماکروژن کره جنوبی جهت توالی یابی ارسال شدند. مقایسه نتایج توالی‌یابی جدایه‌های ایرانی با سایر جدایه های موجود در بانک ژن، نشان دهنده درصد تشابه نوکلئوتیدی جدایه‌های ایرانی OYDV با یکدیگر و با سایر جدایه‌های موجود در بانک ژن به ترتیب (44/94 - 89/79) و (86/99-04/75) بود. همچنین دندروگرام حاصل از مطالعه تبارزایی بر اساس ژن CI، جدایه‌های ایرانی را در دو گروه مجزا از هم نشان داد. بررسی وقوع نوترکیبی در میان جدایه‌های ایرانی نشان دهنده عدم وجود هر گونه نوترکیبی در این ناحیه از ژن CI بود. لازم به ذکر است این پژوهش اولین گزارش از وجود OYDV در برخی از مناطق عمده کشت سیر در ایران، بر اساس ژن CI ویروسی می‌باشد.

Keywords

• ایران
• بررسی فیلوژنتیکی
• سیر
• ویروس کوتولگی زرد پیاز