IDENTIFICAÇÃO DE MARCADORES CELULARES ASSOCIADOS COM IKZF1PLUS EM LEUCEMIA LINFOBLÁSTICA AGUDA DE CÉLULAS PRECURSORAS-B

Abstract

A leucemia linfoblástica aguda de células precursoras B (LLA-CPB) pode ser classificada pela ocorrência de várias alterações genéticas primárias. As alterações de número de cópias (CNAs) em genes relacionados ao desenvolvimento de células-B, como por exemplo as deleções em IKZF1 (IKZF1del), tem sido associada a um aumento na taxa de recaída e, consequente, prognóstico desfavorável em pacientes com LLA-CPB. Recentemente, foi descrito um novo subgrupo denominado IKZF1plus, que é definido pela coocorrência de IKZF1del e de deleções em CDKN2A, CDKN2B, PAX5 ou PAR1 na ausência de deleções de ERG. Os pacientes com este perfil genômico apresentam um pior prognóstico e um risco significativamente maior de recaídas quando comparados aos casos apresentando somente IKZF1del. Objetivos: Desta forma, nosso trabalho visa identificar marcadores celulares associados com a presença de IKZF1plus em LLA-CPB capazes de identificar este subgrupo precocemente na rotina diagnóstica. Materiais e métodos: Foram avaliadas duas séries de casos independentes (TARGET e MECS). Realizamos análises de expressão diferencial entre grupos de pacientes do TARGET: IKZF1plus, IKZF1del e IKZF1selvagem. A quantificação da expressão dos genes foi realizada por sequenciamento de RNA (RNA-seq) e a análise dos dados através do DESeq2. A caracterização molecular das amostras MECS foi realizada por RT-PCR, FISH e MLPA convencional/digital. A quantificação da expressão gênica foi avaliada por RT-qPCR. Os testes de X2 e de Fisher foram usados para avaliar a significância estatística das associações entre as diferentes variáveis avaliadas. Valores de p < 0,05 foram considerados estatisticamente significantes. Resultados: Foram incluídos 125 pacientes da série TARGET agrupados em IKZF1plus (13%), IKZF1del (9%) ou IKZF1selvagem. Em consequência de um enriquecimento de casos IKZF1plus no subgrupo B-others, usamos este subgrupo para realizar análises de expressão diferencial usando DESeq2 para comparar os três grupos IKZF1. A análise de expressão diferencial mostrou que os genes que codificam proteínas de membrana mais associados ao grupo IKZF1plus são: KCNA5, GREB1, EPOR, SDK1 e PTPRB. Foram caracterizados 113 pacientes do nosso laboratório (MECS), também agrupados em IKZF1plus (15,5%), IKZF1del (18,5%) ou IKZF1selvagem (63,8%). Em relação aos pacientes IKZF1plus, 31,5% tinham idade entre 5-11 anos e 52,6% foram categorizados com risco prognóstico alto (p = 0,05). Através da análise de expressão gênica observamos que KCNA5 apresentou-se mais expresso no grupo IKZF1plus quando comparado ao grupo IKZF1 del e IKZF1selvagem (p = 0,002). Os genes EPOR, PTBRB e GREB1 apresentaram-se menos expressos no grupo IKZF1plus quando comparado aos demais grupos (p = 0,031; p = 0,02 e p < 0.0001, respectivamente). Discussão e conclusão: Os resultados da análise de expressão observados na série de caso MECS validaram os resultados observados pela análise DESeq2 na série de casos TARGET. Estes resultados nos permitiram identificar genes diferencialmente expressos entre os diferentes grupos de IKZF1 (IKZF1plus, IKZF1del e IKZF1selvagem); observamos que os genes KCNA5, GREB1, PTPRB, SDK1 e EPOR, que codificam marcadores celulares de membrana, estão associados com a presença de IKZF1plus em LLA-CPB. Desta forma, o uso de uma ferramenta mais acessível (citometria de fluxo) utilizando esses marcadores, seria capaz de preencher uma lacuna translacional para uma estratificação de risco adequada desses pacientes.