Revista Colombiana de Biotecnología (Apr 2011)

The genomic identification of Colombian Acinetobacter baumannii clinical isolates by RFLP-PCR analysis of the 16S-23S rRNA gene spacer region

  • María Andrea Hernández,
  • Emilia María Valenzuela,
  • Ingrid Yamile Pulido,
  • María Teresa Reguero,
  • Silvia Restrepo,
  • Sandra Gualtero Trujillo,
  • Dagoberto Santofimio Sierra,
  • Martha Ramirez Plazas,
  • Luz Eneida Quintero,
  • José Ramón Mantilla

Journal volume & issue
Vol. 13, no. 1
pp. 110 – 114

Abstract

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Identificación genómica de aislamientos colombianos de Acinetobacter baumannii mediante RFLP-PCR de la región intergénica espaciadora de los genes 16S y 23S rRNAAbstractThe 16S-23S rRNA gene intergenic spacer (ITS) was analysed by RFLP in this study to identify A. baumannii from 139 isolates from four hospitals (identified as A, B, C and D). One hundred and twenty of these isolates (86.3%) belonged to the A. baumannii species; those identified as being A. baumannii were found to be polyclonal (19 clone groups) when determining the genetic relationships, 16 of them being found in hospital C. Hospitals A, B and D shared two clone groups isolated during different years. This study describes a rapid and easy method for genospecies identification of Acinetobacter baumannii. Keywords: Acinetobacter baumannii-Acinetobacter calcoaceticus complex; 16S-23S rRNA gene intergenic spacer (ITS); RFLP-PCR. ResumenCon el objeto de identificar la genomoespecie Acinetobacter baumannii, se estudiaron 189 aislamientos pertenecientes al Complejo Acinetobacter baumannii-Acinetobacter calcoaceticus provenientes de cuatro hospitales colombianos (denominados A,B,C,D) mediante el análisis por RFLP-PCR de la región intergénica espaciador (ITS) de los genes 16S y 23S rRNA. Se encontraron 120 aislamientos (86.3%) pertenecientes a la especie A. baumannii. La estructura de la población fue policlonal, con 19 grupos clonales, 16 de los cuales se hallaron en el hospital C. En los hospitales A,B y D se encontraron 2 grupos clonales aislados durante diferentes años. En este estudio se propone un método rápido y fácil para la identificación de Acinetobacter baumannii Palabras clave: Complejo Acinetobacter baumannii-Acinetobacter calcoaceticus; Región intergénica espaciadora (ITS), RFLP-PCR.

Keywords