مجله دانشکده پزشکی اصفهان (May 2018)
افزایش پوشش پروتئوم سلول‌های Hs578T، متعلق به سرطان پستان، در نمایهی الکتروفورز دو بعدی با حذف کارآمد مداخله‌گرهای غیر پروتئینی
Abstract
مقدمه: با وجود استفاده‌ی گسترده، پوشش پروتئینی پایین و الگوهای اسمیری، از مهم‌ترین موانع بازدارنده برای استفاده از مطالعات پروتئومیک مبتنی بر ژل در بررسی‌های بالینی می‌باشد. بنابراین، در این مطالعه تلاش شد تا پوشش نمایهی دو بعدی پروتئوم رده‌ی سلولی Hs578T، متعلق به سرطان پستان افزایش یابد و تأثیر کارآمدی روش‌های مرسوم حذف مداخله‌گرهای غیر پروتئینی در افزایش تعداد پروتئین‌ها در نمایهی دو بعدی ارزیابی گردد. روش‌ها: سلول‌های رده‌ی Hs578T، به منظور استخراج عصاره‌ی خام سلولی، در بافر لیز مناسب تیمار شدند. عصاره‌های سلولی حاصل از استخراج‌های متعدد، با هم همگن و در حجم‌های یکسان تقسیم شدند و در سه تکرار، با روش‌های استون، استون- متانول و تری‌کلرواستیک اسید (Trichloroacetic acid یا TCA)- استون خالص گشتند. سپس، پروتئوم خالص تهیه شده از هر روش، در یک بافر بازآب‌رسانی استاندارد حل شد و بر روی نوارهای Immobilized pH gradient (IPG) 17 سانتی‌متری بارگذاری گشت. پس از تفکیک ایزوالکتریک در بعد اول، محتوای پروتئوم، یک بار دیگر در سیستم الکتروفورز O'Farrell نیز مورد تفکیک الکتروفورتیک قرار گرفت. در نهایت، پس از ظهور نقاط پروتئینی در نمایهی دو بعدی، تصاویر حاصل با استفاده از نرم‌افزار ImageMaster به صورت کمی- کیفی تحلیل شدند. یافته‌ها: بازده بازیابی پروتئوم، برای روش‌های استون، استون- متانول و TCA- استون به ترتیب 001/0 ± 100/0، 002/0 ± 070/0 و 005/0 ± 120/0 نانوگرم به ازای هر سلول محاسبه شد. آنالیز تصویر نیز حضور 9 ± 1299 نقطه‌ی پروتئینی را در نمایهی دو بعدی تخلیص شده با استون نشان داد که این تعداد برای تخلیص با استون- متانول و TCA- استون به ترتیب 14 ± 1698 و 17 ± 1973 بود. نتایج از سه اندازه‌گیری جداگانه به دست آمد. نتیجه‌گیری: آماده‌سازی نمونه‌ها با روش TCA- استون، نه تنها بالاترین بازده بازیابی پروتئین را دارد؛ بلکه، پوشش پروتئومی بهتری را نیز ارایه می‌دهد. بنابراین، این روش برای مطالعات پروتئومیک مقایسه‌ای توصیه می‌گردد. با این وجود، تخلیص با استون- متانول، با توجه به ارایه‌ی نقاط پروتئینی قوی‌تر، برای مطالعات سرولوژیکی پروتئوم پیشنهاد می‌گردد.
Keywords
