تحقیقات تولیدات دامی (Aug 2022)
مطالعه پویش کل ژنوم بر پایه مدل هاپلوتیپ و تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعه-های ژنی مرتبط با سن اولین زایش در گاو نلور
Abstract
در این پژوهش از رکوردهای فنوتیپی صفت سن اولین گوسالهزایی گاوهای نلور برای مطالعه پویش ژنوم بر پایه تجزیه و تحلیل غنیسازی جهت شناسایی ساز و کارهای زیستی استفاده شد. ارزیابی پویش کل ژنوم با بسته نرم افزاری GHap بر پایه مدل هاپلوتیپی در برنامه R انجام شد. تجزیه غنیسازی مجموعههای ژنی با بسته نرمافزاری goseq برنامه R با هدف شناسایی طبقات عملکردی و مسیرهای زیستی ژنهای نزدیک در مناطق ژنومی کاندیدا انجام شد و در نهایت برای تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی از پایگاههای GO، KEGG، DAVID و PANTHER استفاده شد. با تجزیه و تحلیل غنیسازی مجموعههای ژنی، مسیرهای هستیشناسی )ژنهای کاندیدا( Estrogen metabolic process (HSD17B12)، Synapse organization (KIRREL3 و PPFIA2)، Sensory perception of mechanical stimulus (MYO3A و KCNMA1)، Protein tyrosine kinase activity (IGF1R)، cell-cell junction (FRMD4A)، GnRH signaling pathway (ADCY5) و Focal adhesion (PPP1R12A) شناسایی شدند. ژنهای کاندیدا نقش مهمی در باروری، سن اولین گوسالهزایی، بیوسنتز استروژن، نرخ آبستنی تلیسهها، رشد ابتدایی جنین، سن بلوغ و تنظیم هموستازی گلوکز در تخمدان داشتند. با توجه به تأیید مناطق قبلی پویش ژنومی و شناسایی مناطق ژنومی جدید، استفاده از یافتههای این پژوهش میتواند در انتخاب ژنتیکی گاو مفید باشد.
Keywords