Frontiers in Oncology (Apr 2024)
IKZF1plus is a frequent biomarker of adverse prognosis in Mexican pediatric patients with B-acute lymphoblastic leukemia
- Joaquin Garcia-Solorio,
- Juan Carlos Núñez-Enriquez,
- Marco Jiménez-Olivares,
- Janet Flores-Lujano,
- Fernanda Flores-Espino,
- Carolina Molina-Garay,
- Alejandra Cervera,
- Diana Casique-Aguirre,
- Diana Casique-Aguirre,
- José Gabriel Peñaloza-Gonzalez,
- Ma. Del Rocío Baños-Lara,
- Ángel García-Soto,
- César Alejandro Galván-Díaz,
- Alberto Olaya-Vargas,
- Hilario Flores Aguilar,
- Minerva Mata-Rocha,
- Miguel Ángel Garrido-Hernández,
- Juan Carlos Solís-Poblano,
- Nuria Citlalli Luna-Silva,
- Lena Sarahi Cano-Cuapio,
- Pierre Mitchel Aristil-Chery,
- Fernando Herrera-Quezada,
- Karol Carrillo-Sanchez,
- Anallely Muñoz-Rivas,
- Luis Leonardo Flores-Lagunes,
- Elvia Cristina Mendoza-Caamal,
- Beatriz Eugenia Villegas-Torres,
- Vincent González-Osnaya,
- Elva Jiménez-Hernández,
- José Refugio Torres-Nava,
- Jorge Alfonso Martín-Trejo,
- María de Lourdes Gutiérrez-Rivera,
- Rosa Martha Espinosa-Elizondo,
- Laura Elizabeth Merino-Pasaye,
- María Luisa Pérez-Saldívar,
- Silvia Jiménez-Morales,
- Everardo Curiel-Quesada,
- Haydeé Rosas-Vargas,
- Juan Manuel Mejía-Arangure,
- Juan Manuel Mejía-Arangure,
- Carmen Alaez-Verson
Affiliations
- Joaquin Garcia-Solorio
- Laboratorio de Diagnóstico Genómico, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City, Mexico
- Juan Carlos Núñez-Enriquez
- Unidad de Investigación Médica en Epidemiología Clínica, Unidad Medica de Alta Especialidad (UMAE) Hospital de Pediatría, Centro Médico Nacional (CMN) Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), Mexico City, Mexico
- Marco Jiménez-Olivares
- Laboratorio de Diagnóstico Genómico, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City, Mexico
- Janet Flores-Lujano
- Unidad de Investigación Médica en Epidemiología Clínica, Unidad Medica de Alta Especialidad (UMAE) Hospital de Pediatría, Centro Médico Nacional (CMN) Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), Mexico City, Mexico
- Fernanda Flores-Espino
- Laboratorio de Diagnóstico Genómico, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City, Mexico
- Carolina Molina-Garay
- Laboratorio de Diagnóstico Genómico, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City, Mexico
- Alejandra Cervera
- Subdirección de Genómica Poblacional, Instituto Nacional de Medicina Genomica (INMEGEN), Mexico City, Mexico
- Diana Casique-Aguirre
- Laboratorio de Citómica del Cáncer Infantil, Centro de Investigación Biomédica de Oriente, Instituto Mexicano del Seguro Social, Delegación Puebla, Puebla, Mexico
- Diana Casique-Aguirre
- Consejo Nacional de Humanidades, Ciencias y Tecnologías (CONAHCYT), Mexico City, Mexico
- José Gabriel Peñaloza-Gonzalez
- Servicio de Onco-Pediatría, Hospital Juárez de México, Secretaría de Salud (SSA), Mexico City, Mexico
- Ma. Del Rocío Baños-Lara
- Centro de Investigación Oncológica Una Nueva Esperanza, Universidad Popular Autónoma del Estado de Puebla, Puebla, Mexico
- Ángel García-Soto
- Hospital General Centro Médico La Raza, Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), Mexico City, Mexico
- César Alejandro Galván-Díaz
- Departamento de Oncologia, Instituto Nacional de Pediatría (INP), Mexico City, Mexico
- Alberto Olaya-Vargas
- Departamento de Oncologia, Instituto Nacional de Pediatría (INP), Mexico City, Mexico
- Hilario Flores Aguilar
- 0Departamento de Inmunogenetica, Instituto de Diagnostico y Referencia Epidemiologicos (InDRE), Mexico City, Mexico
- Minerva Mata-Rocha
- 1Unidad de Investigación Médica en Genética Humana, Hospital de Pediatría, CMN Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), Mexico City, Mexico
- Miguel Ángel Garrido-Hernández
- 2Servicio de Oncohematología Pediátrica, Hospital para el Niño Poblano, Secretaría de Salud (SS), Puebla, Mexico
- Juan Carlos Solís-Poblano
- 3Servicio de Oncohematología Pediátrica, Instituto Mexicano del Seguro (IMSS) Unidad Médica de Alta Especialidad (UMAE) Centro Médico Nacional (CMN) Hospital de Especialidades Dr. Manuel Ávila Camacho, Puebla, Mexico
- Nuria Citlalli Luna-Silva
- 4Servicio de Hemato-Oncología Pediátrica, Hospital de la Niñez Oaxaqueña "Dr. Guillermo Zárate Mijangos", Secretaria de Salud y Servicios de Salud Oaxaca (SSO), Oaxaca, Mexico
- Lena Sarahi Cano-Cuapio
- 5Hospital Infantil de Tlaxcala, Servicio de Oncología Pediátrica, Tlaxcala, Mexico
- Pierre Mitchel Aristil-Chery
- 6Instituto de Seguridad y Servicios Sociales de los Trabajadores al Servicio de los Poderes del Estado (ISSSTE) de Puebla, Departamento de Enseñanza e Investigació, Puebla, Mexico
- Fernando Herrera-Quezada
- Unidad de Investigación Médica en Epidemiología Clínica, Unidad Medica de Alta Especialidad (UMAE) Hospital de Pediatría, Centro Médico Nacional (CMN) Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), Mexico City, Mexico
- Karol Carrillo-Sanchez
- Laboratorio de Diagnóstico Genómico, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City, Mexico
- Anallely Muñoz-Rivas
- Laboratorio de Diagnóstico Genómico, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City, Mexico
- Luis Leonardo Flores-Lagunes
- Laboratorio de Diagnóstico Genómico, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City, Mexico
- Elvia Cristina Mendoza-Caamal
- Laboratorio de Diagnóstico Genómico, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City, Mexico
- Beatriz Eugenia Villegas-Torres
- Laboratorio de Diagnóstico Genómico, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City, Mexico
- Vincent González-Osnaya
- Laboratorio de Diagnóstico Genómico, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City, Mexico
- Elva Jiménez-Hernández
- 7Servicio de Oncología, Hospital Pediátrico Moctezuma, Secretaría de Salud de la Ciudad de México (SSCDMX), Mexico City, Mexico
- José Refugio Torres-Nava
- 7Servicio de Oncología, Hospital Pediátrico Moctezuma, Secretaría de Salud de la Ciudad de México (SSCDMX), Mexico City, Mexico
- Jorge Alfonso Martín-Trejo
- 8Servicio de Hematología, Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), Unidad Médica de Alta Especialidad (UMAE) Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Mexico City, Mexico
- María de Lourdes Gutiérrez-Rivera
- 9Servicio de Oncología, Centro Médico Nacional Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), Unidad Médica de Alta Especialidad (UMAE) Hospital de Pediatría “Dr. Silvestre Frenk Freund”, Mexico City, Mexico
- Rosa Martha Espinosa-Elizondo
- 0Servicio de Hematología Pediátrica, Hospital General de México, Secretaría de Salud (SSA), Mexico City, Mexico
- Laura Elizabeth Merino-Pasaye
- 1Servicio de Hematología Pediátrica, Centro Médico Nacional (CMN) “20 de Noviembre”, Instituto de Seguridad Social al Servicio de los Trabajadores del Estado (ISSSTE), Mexico City, Mexico
- María Luisa Pérez-Saldívar
- Unidad de Investigación Médica en Epidemiología Clínica, Unidad Medica de Alta Especialidad (UMAE) Hospital de Pediatría, Centro Médico Nacional (CMN) Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), Mexico City, Mexico
- Silvia Jiménez-Morales
- 2Laboratorio de Medicina de Precisión, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City, Mexico
- Everardo Curiel-Quesada
- 3Departamento de Bioquímica, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Instituto Politecnico Nacional (IPN), Mexico City, Mexico
- Haydeé Rosas-Vargas
- 1Unidad de Investigación Médica en Genética Humana, Hospital de Pediatría, CMN Siglo XXI, Instituto Mexicano del Seguro Social (IMSS), Mexico City, Mexico
- Juan Manuel Mejía-Arangure
- 4Laboratorio de Genómica Funcional del Cáncer, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City, Mexico
- Juan Manuel Mejía-Arangure
- 5Facultad de Medicina, Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), Mexico City, Mexico
- Carmen Alaez-Verson
- Laboratorio de Diagnóstico Genómico, Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), Mexico City, Mexico
- DOI
- https://doi.org/10.3389/fonc.2024.1337954
- Journal volume & issue
-
Vol. 14
Abstract
BackgroundRecurrent genetic alterations contributing to leukemogenesis have been identified in pediatric B-cell Acute Lymphoblastic Leukemia (B-ALL), and some are useful for refining classification, prognosis, and treatment selection. IKZF1plus is a complex biomarker associated with a poor prognosis. It is characterized by IKZF1 deletion coexisting with PAX5, CDKN2A/2B, or PAR1 region deletions. The mutational spectrum and clinical impact of these alterations have scarcely been explored in Mexican pediatric patients with B-ALL. Here, we report the frequency of the IKZF1plus profile and the mutational spectrum of IKZF1, PAX5, CDKN2A/2B, and ERG genes and evaluate their impact on overall survival (OS) in a group of patients with B-ALL.MethodsA total of 206 pediatric patients with de novo B-ALL were included. DNA was obtained from bone marrow samples at diagnosis before treatment initiation. A custom-designed next-generation sequencing panel was used for mutational analysis. Kaplan-Meier analysis was used for OS estimation.ResultsWe identified the IKZF1plus profile in 21.8% of patients, which was higher than that previously reported in other studies. A significantly older age (p=0.04), a trend toward high-risk stratification (p=0.06), and a decrease in 5-year Overall Survival (OS) (p=0.009) were observed, although heterogeneous treatment protocols in our cohort would have impacted OS. A mutation frequency higher than that reported was found for IKZF1 (35.9%) and CDKN2A/2B (35.9%) but lower for PAX5 (26.6%). IKZF1MUT group was older at diagnosis (p=0.0002), and most of them were classified as high-risk (73.8%, p=0.02), while patients with CDKN2A/2BMUT had a higher leukocyte count (p=0.01) and a tendency toward a higher percentage of blasts (98.6%, >50% blasts, p=0.05) than the non-mutated patients. A decrease in OS was found in IKZF1MUT and CDKN2A/2BMUT patients, but the significance was lost after IKZF1plus was removed.DiscussionOur findings demonstrated that Mexican patients with B-ALL have a higher prevalence of genetic markers associated with poor outcomes. Incorporating genomic methodologies into the diagnostic process, a significant unmet need in low- and mid-income countries, will allow a comprehensive identification of relevant alterations, improving disease classification, treatment selection, and the general outcome.
Keywords
- IKZF1plus
- IKZF1 gene mutation
- CDKN2A/2B gene mutation
- PAX5 gene mutation
- PAR1 deletions
- pediatric B-ALL